崖山海战有着三个未解之谜，到现在还没有找出谜底。崖山海战未解之谜之一是南宋为何将所有的军队集中在崖山这个地方。根据现在的考察，南宋在崖山以南的湛江海域附近的岛屿上修筑了临时住所，按道理他们应该在岛屿上抵抗元军。为何他们会逆向去崖山，与元军追击的方向正好相对。而且从湛江附近的岛屿到崖山是逆风。
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南宋当时的决策层为何要作出这样的决定，现在没有统一的见解。有的专家认为当时的南宋决策层已经料到南宋覆亡的前景，无论是在陆上防御，还是在岛屿上防御，都会全军覆没。由于存在乡土情结，他们选择了在陆上抵抗。这种说法虽然有些道理，但仍旧无法准确解释崖山海战未解之谜中南宋指挥官为何会在陆地上守卫的问题。
崖山未解之谜之二是南宋在军力远胜于蒙古的情况下为何全军覆没。南宋的军队有20万，战船有近千艘，蒙古的军队只有2万人，战船只有四百艘。南宋的军队战斗力虽然不如蒙古，但是20万人是不小的数目，而且打的是海战，并不是陆地战斗，蒙古军队的骑兵优越性无法发挥出来。
崖山海战未解之谜之三是宋朝的指挥官为何连连失误。崖山海战的南宋一方指挥官是张世杰。但是南宋的补给都是由海南岛提供，张世杰没有派兵守住出海口，而是将所有的战船都聚集在海港里，明显是一大失误。南宋的战船数量远胜于蒙古，应当在海面上与蒙古军决战，在狭小的地区作战明显不利于南宋一方。
崖山海战的过程
作为中国历史上有名的大规模海战，那么崖山海战的过程是怎样的呢?
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祥兴二年正月，降元大将张弘范率领元朝大军攻至崖门，元军浩浩荡荡陆续抵达崖山，对南宋军队形成三面包围之势。面对着巨大的压力，张世杰命令手下尽焚陆地上的宫殿、房屋和据点;继而又下令将千多艘宋军船只以“连环船”的方案用大绳索以一字形连贯在海湾以内，并且将赵昺的“龙舟”安排在军队中间。
祥兴二年(今1279年)二月六日癸未，张弘范打算迅速猛攻，元军中有人建议先使用火炮，弘范认为火炮打乱宋军的一字阵型，容易令其撤退。次日，张弘范将其均分成四份，宋军东、南、北三面皆各驻一军;张弘范亲自率领一军与宋军同去里余，并以奏乐为总攻讯号。首先，北军队乘潮进攻宋军北部失利，李恒等顺潮而退回。正午时段，张弘范的水师正面进攻宋军，接著用麻布遮挡事先建成并埋有伏兵的船楼，以鸣金为进攻讯号。各路伏兵负盾俯伏，在箭雨下驶近宋船。两军船舰接近，元军鸣金，撤布交战，一时间连破七艘宋船，其气势势如破竹。宋师大败，元军一路追到宋军中央。这时张世杰见大势已去，他抽调精兵，并和苏刘义带领余部十余只船舰一起斩断大索突围而去。
祥兴二年(今1279年)三月十九日，崖山海战结束，大宋王朝就此宣告灭亡。
崖山海战参战人数
崖山海战参战人数中，宋朝方面的军队有20万人，战船有一千余艘。宋朝的20万军队是来自各地的勤王军队。宋少帝逃到崖山后，各地的勤王军队汇集到岭南的崖山，在这个地方抵御元军的进攻。
崖山海战参战人数中，元军的参战人数有2万余人，这两万余人中有很多民族，蒙古人只有1000人，其余的人中有汉人、金人、契丹人、西夏人等。蒙古在当时已经征服了很多地区，军队中民族成分混杂。
宋朝在崖山海战参战人数中，虽然有20万人，但是这20万人非常混杂，战斗缺乏统一性。当时南宋，被蒙古军打败，从浙江逃到福建，又从福建逃到广东。军队人数虽然多，但是都是一些溃败的军队临时组织起来的，士气低落。
蒙古在崖山海战参战人数中，只有2万人，但是这2万人都是精锐士兵，而且当时的蒙古军队从浙江一路打到广东，势如破竹，士气高涨。蒙古军队的人数虽然少，但是战斗力却非常高。
崖山海战中，宋朝的参战人数远远大于元朝的参战人数，但是宋军最后却全军覆没，宋军的20万人败给了元军的2万人。虽然这个事情看起来很离奇，但是却很容易解释，当时的南宋王朝已经几近灭亡，蒙古军队的强悍给了宋军很大的震撼，宋朝20万人中有很多士兵是前线溃退下来的，他们见识到了元军的勇猛，在崖山海战中根本没有底气。
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崖山海战的历史意义
崖山海战的历史意义中，最为重要的是改变了当时中国的政治格局，中国实现了大统一。唐朝灭亡以后，宋朝虽然实现了大统一，但是格局非常小。而元朝实现的大统一是大格局的，和唐朝一样。
多民族的统一性也是崖山海战的历史意义。崖山海战结束后，标志着蒙古人建立的元朝统一了中国。新建立的元朝是一个多民族的国家。这种多民族性一直传承到现在。因此崖山海战是多民族统一性的一个开始点。
崖山海战也有着另一方面的历史意义。崖山海战结束后，宋王朝正式灭亡，元朝成立。宋王朝是农业文明国家，元朝是游牧民族建立的国家，两种国家有着不同的意识形态，这标志着中国历史进入了一个不同的文明时期。南宋人民不屈不挠的抗争精神也是崖山海战的历史意义。崖山海战中，南宋军民已经是穷途末路，但是这些人依然守卫崖山，保护着危在旦夕的宋王朝。战争的最后，这些人没有选择逃跑，全部葬身大海。崖山海战显示出了中国人民不屈不挠、抵抗侵略的精神。
崖山海战是宋王朝同元王朝进行的最后一次对决，也是元王朝在中华地区的最后一次大型战役。崖山海战结束后，宋王朝灭亡，元朝实现了大一统，中国历史进入了一个新的时期。崖山海战是新旧王朝交替的里程碑事件。