此战，波斯军队的大批武器装备和金银财宝，大流士三世的母亲、皇后和两个公主都落入了亚历山大手中。组织追击在当时的军事学术中成了新现象，并且同骑兵作为一个机动兵种的发展相关。伊苏斯交战的结果是马其顿军队征服波斯王国的西部和保障马其顿舰队在爱琴海的霸权。伊苏斯的胜利为马其顿军队开辟了通向叙利亚和埃及的道路。
总结伊苏斯战役，波斯王大流士的战役指挥几乎无可挑剔，战略布局和战术安排都可圈可点。和亚力山大一样，大流士将精英部队放在右路，期望波斯铁甲骑兵在这里突破，迂回到侧后攻击马其顿密集阵。如果不是亚力山大有针对性地部署反击力量，波斯铁骑将轻松完成战役目标。大流士在中路的战术意图非常清楚，就是诱使马其顿密集阵渡河进攻，利用地形的阻碍打乱马其顿方阵的队形，这样希腊雇佣军可以避开马其顿步兵密集的长矛，从敌军阵形出现的缺口乘虚而入，逼近格斗。这个战术安排已经奏效，当时马其顿密集阵被希腊雇佣军多处渗透，千疮百孔，危在旦夕，如果左翼波斯步兵坚持时间再长一些，马其顿密集阵就会崩溃。一百多年以后，罗马军团就是使用同样的战术两次击破了马其顿军队，建立了在地中海东部的霸权。波斯左翼阵线的任务非常单纯，就是尽可能迟滞马其顿近卫骑兵的进攻，为波斯军队在中路和右路击破敌军争取时间。
后人对大流士排兵布阵的诟病，主要集中在左翼阵线的安排。有人认为大流士应该在波斯左翼和中路前沿全都部署希腊雇佣军，这就忽视了他政治上的局限性。大流士将希腊雇佣军布置在中路要冲委以重任，想必已经承受了波斯贵族巨大的压力，如果不给波斯步兵部队参战的机会，他将肯定会失去波斯贵族的支持。伊苏斯战役失败以后，大流士在逃命途中仍然没有放弃对全局的掌控。古典史料记载，从伊苏斯战场撤退的部分波斯骑兵没有返回巴比伦，而是退往小亚细亚，在那里开展敌后游击战。我们几乎可以肯定，波斯骑兵的这个战略举措完全是大流士的授意。这些波斯骑兵给马其顿军队的后勤补给造成很大麻烦，坚持一年多后被驻守小亚细亚的马其顿将领安提贡(Antigonus)率部歼灭。
伊苏斯战役波斯军队的惨败，主要原因是部队的组织和素质同马其顿军队差距太大。卡尔达克步兵作为波斯帝国军事改革的主要成果，战斗效能仍然无法同马其顿步兵相提并论。波斯左翼阵线过早崩溃，使大流士的战役构想成为泡影。波斯铁甲骑兵的单兵作战能力并不亚于特萨利骑兵，唯一的差距在于组织纪律性。另外波斯军队缺乏步骑协同，骑兵打开局面以后得不到步兵的支持，无法巩固战果，也是失败的原因之一。可见武器装备的提升，并不能弥补战术思想的差距。至于大流士的临阵脱逃，在当时的情况下无可厚非。波斯左翼阵线崩溃以后败局已定，大流士遭到马其顿骑兵的围攻，继续留在战场上只怕凶多吉少。对大流士来说，波斯帝国的战争资源取之不尽、用之不竭，只要保住一条性命就有机会东山再起。事实上大流士回到巴比伦又重新组建一支更加庞大的军队，而两年以后双方重逢高加米拉，亚力山大面临的险境一点也不亚于伊苏斯战役。