仙游之战，是继平海卫大捷之后，明军戚继光部取得的又一次重大胜利。此次作战，在兵少力弱的情况下，能够以寡击众，取得胜利，在作战指挥上主要有以下经验：
持久防御，赢得时间
作战指挥员戚继光能及时正确地判明倭寇的实力和行动方针，适时增派援兵，布设疑兵，周密组织防御。使得仙游据点得以长期固守，有效地阻止倭寇的攻城图谋，同时，也牵制住了倭寇，为争取时间，加派援军，重创倭寇赢得了时间。
分割包围，各个击破
当援军到达之后，能够根据敌我兵力对比不占优势的实际情况，正确制定作战方针，采取隐蔽接敌，分割包围，各个击破的战法，连续破倭四垒，积小胜为大胜，最终击败倭寇，解除仙游之围。
周密计划，密切协同
在战斗组织上，作战指挥员能够周密计划，密切协同，稳扎稳打，以不可胜而待敌之可胜。由于敌我兵力对比明军不占优势，甚至处于劣势地位，作战指挥员必须十分谨慎，从防御转入进攻，必须处处周密计划，精心安排，一着不慎，就会全盘皆输。正是由于戚继光确保仙游的精密作战计划，才使得倭寇进不能专意攻城，退又有被迫堵之虞，为下一步作战行动赢得了时间。在仙游多次面临危急的情况下，因为守城部队与城外明军的密切配合，多次转危为安。在转入进攻之后，连续破倭四垒，执行任务的各支部队均能按作战预案，主攻与助攻互相支援，协调行动，使矮寇各垒兵力不能会合，被各个包围歼击。
仙游之战在沿海御倭战争中具有一定的典型性。提督军务谭纶在总结仙游大捷、上奏皇帝请赏时指出：此战“用寡击众，一呼而辄解重围;以正为奇，三战而悉收全捷。”“盖自东南用兵以来，军威未有若此之震，军功未有若此之奇者也。”