“大黄蜂号”的损失对在南太平洋的盟军是一个严重的打击，盟军在整个太平洋战区只留下1艘受损严重的航空母舰"企业号"在坚持作战。但“企业号”经过在新喀里多尼的临时修理后，虽然仍有些损坏，但在两个星期后就返回到所罗门群岛南部，以支援盟军进行瓜达尔卡纳尔海战，并在这场对在瓜达尔卡纳尔岛整体作战具有决定性的海战中发挥着重要的作用。
虽然在计算船只沉没数量上日军取得战术上的胜利，但日本海军舰队却付出了沉重的代价。损坏的航空母舰都被迫返回日本进行广泛维修和改装。修复后，“瑞凤号”在1943年1月下旬返回特鲁克。而“翔鹤号”一直进行维修，直到1943年7月还没有返回前线。
日本海军最重大的损失是飞行员。美军在战役中失去了26名飞行员，而日本失去了148名飞行员，其中包括2名俯冲轰炸机指挥官、3名鱼雷轰炸机中队指挥官和另外18名战斗机或其他组别的指挥官。参战的49%的日本鱼雷轰炸机、39%的俯冲轰炸机和20%的战斗机飞行员战死。相对于在珊瑚海(90)、中途岛(110)和东所罗门(61)，日军在圣克鲁斯海战中失去了更多的机组人员。到圣克鲁斯的战斗结束后，参加了珍珠港事件的765名日本航空母舰飞行员精英中，至少有409人死亡。日本失去了许多机组人员，没有损坏的“瑞鹤号”和“飞鹰号”也由于缺乏训练有素的机组人员而被迫返回日本。海军中将南云人在不久后被解职，重新分配到在日本海岸防守，他说：“这场战役取得战术上的胜利，而在战略上却是失败。考虑到敌人的工业能力有巨大的优越性，我们必须在每一场战役取得绝大多数的胜利。不幸的是这一次没有取得了压倒性的胜利。”
由于日本没有形成有制度的海军飞行人员培训计划和缺乏训练有素的预备役人员，导致有经验的航母飞行员数量锐减，而且没有快速的方法来代替他们。日本失去了在美国的工业力量实现其目标前，通过以一场单一决定性的战役来打败盟国海军航空母舰舰队的战略机遇。这导致了在1943年夏天日本航空母舰回到特鲁克，没有在决定性的所罗门群岛战役中进一步发挥进攻的角色。
历史学家埃里克·哈梅尔总结圣克鲁斯群岛战役的意义，“圣克鲁斯是日本的胜利，这场胜利却令日本失去了赢得战争的最后希望。”