红军
布尔什维克党在未掌握国家政权时为了瓦解作为沙皇专制统治支柱的沙俄军队，在军队内部进行的宣传活动以鼓动士兵反对军官权威和军队的组织纪律制度为主要内容，十月革命后为了兑现结束帝国主义战争的诺言又大量遣散旧军队。结果导致了面对白军的叛乱与进攻，苏维埃政府掌握的军队数量严重不足，面对来自各个方向的围攻疲于应对、顾此失彼。而且就是这些有限的军队，也因为军官的大量流失而缺乏有效的组织、管理、约束和指挥。被留用的军官有相当部分的忠诚度值得怀疑，甚至隐藏了大量的破坏分子。那些忠心于新政权的军官，也往往因为由布尔什维克早期的兵运宣传造成的军队内部自由思想泛滥、组织纪律涣散而难以建立权威、发挥与旧军队或白军中的军官相当的作用。
表面上看起来红军面临着众多缤纷复杂的问题，但是如果透过现象去抓问题的本质，那么红军方面的种种问题可以归结到一点：制度问题。在以往的革命中他们破坏和废除了军队中旧有的制度，但是却没有建立起一套新的制度来替代。而解决问题的方法也只有一个，重新在红军内部建立起正规有效的组织、指挥和政工制度，如果短时间内不能建立起新的制度替代那么干脆恢复旧有的制度。抓住了这一关键点就可以保证红军的兵源、纪律、忠诚和战斗力，就能够解决存在的绝大多数问题。
红军的建立和初战告捷为保卫苏维埃政权，战胜国内外反革命势力奠定了基础，人民委员会于1918年初颁布组建工农红军和工农红海军的法令;3月4日成立最高军事委员会，统一指挥全国武装力量;4月成立地方军事机构，全国实行普及军训制;5月29日，全俄中央执行委员会通过关于实行普遍兵役制的法令。俄共(布)中央和苏维埃政府还决定动员全国的人力、物力，将全部工作转入战时轨道。
为统一领导在东线作战的部队，6月13日成立东方面军;9月2日宣布国家为统一军营，并成立由列夫·托洛茨基任主席的共和国革命军事委员会。I.I.瓦采季斯被任命为共和国武装力量总司令。9月11日，共和国革命军事委员会下令扩充部队编制，除东方面军外，组建南方面军、北方面军及西部防区(次年2月改编为西方面军)，同年12月又组建里海-高加索方面军。11月30日成立以列宁为主席的工农国防委员会，协调和领导军事机关和民政机关的活动，确保前线和后方的统一。所有这些措施，保证了苏维埃红军的建设及其在各条战线的初步胜利。
虽然在内战的进程中，苏维埃政府控制的地区一度只占全国领土的很少部分，但全俄的核心区域却一直控制在苏维埃政府手中，这里所说的核心既是指地理形势上的，也是对工业交通而言。这样不仅从地理上隔绝了各路白军之间的实质联系，更重要的是苏维埃政府掌握了西部乃至全国的工业精华区和铁路、内河航运的枢纽和干线。依托工业区，红军不仅武器弹药的生产供应方面占据压倒性的优势(白军的军火供应前期只能依赖缴获，后期则要协约国千里迢迢的从海外运输)，这些地区聚居的产业工人也成为了红军稳定而可靠的兵源保证。借助完整的水陆运输网，红军的兵员和武器可以便捷的输送到需要的地方、达成局部的优势。
虽然有工业生产、兵力动员和交通运输方面的优势，但苏维埃方面也面临着一个致命却难以解决的瓶颈问题——生活资料，特别是粮食的短缺。苏维埃政权和红军对上述核心区以外的广大农业区缺乏有效的控制，农产品特别是粮食的匮乏成为整个内战过程中制约苏维埃政府的最最严重的问题之一。
造成这种窘境固然有主要粮食产区大都属于敌占区或交战区或真空区的原因，但即使是在红军确实控制的地区，粮食的征集也是困难重重。共产主义的纲领对自耕农占大多数的俄罗斯农民阶级缺乏吸引力，所以根本不可能指望他们有多高的革命热情像产业工人义务劳动、踊跃参军那样自动拿出粮食去支援苏维埃政权和红军;将全部力量都用于支援战争的政府也无力如农民所愿的提供大量他们需要的工业制成品来换取粮食。
对于迫切需要粮食的政府而言，剩下的也就只有通过武力强行征集一条路了，于是“余粮征集制”“战时共产主义”便在这种迫不得已的大势下出台了。这些现在看来未免过激和残酷的政策固然激化了农民与政府之间的矛盾冲突，以致在内战已经基本结束的1920年代农村暴乱和军队哗变仍然频繁发生。但是也应该看到，这些因“余粮征集制”而激化的矛盾和冲突，其根源却并不在于“余粮征集制”，即使没有“余粮征集制”农民一样不愿意把粮食交给政府。反过来，“余粮征集制”虽然激化了矛盾却也解决了问题，不管如何是收到了粮食——当然代价是沉重而惨痛的——但更是值得的。
最后不得不说的一个话题是红军的政工制度。虽然在法国大革命时期便已经出现了军队政工制度的萌芽，但军队政工制度的真正确立确是苏俄红军的首创。和同为无产阶级军队的我军一样，苏俄红军设立政工制度的目的也是为了保证和加强党对军队的领导、保证军队的稳定和忠诚，但在具体实施的方式方法上两国两军却存在很大的差异。
和我军军政分工合作、各成一体的双首长制不同，苏军的政工干部虽然在特定的历史时期也被赋予过与部队军事首长相当的权力甚至最终决定权，但从总体上讲，苏俄红军的政工人员是依附于军事主官而存在、通过对军事主官的影响来开展工作的。红军的政工人员在纵向上联系不紧密、上下之间没有形成完整有效的政工系统，他们的工作既不独立也不直接。党对军队的领导很大程度上还是依赖于各级军事主官，因此也就比较容易受到干扰和制约，控制能力不强。
红军行动路线
红军的政工干部在工作中更偏重于对指挥员的监督和管控，而非通过层层设立的党组织来教育和领导全体官兵，其生命力和影响力都不够强。在整个国内革命战争中，红军部队的溃散、哗变、投敌以及违反纪律乃至犯罪的行为都不鲜见，可见这种模式的政工制度还是比较原始和不够完善的，其作用也是相对有限的。虽然有这样或那样的不足，这套政工制度却是红军在艰苦恶劣的环境中能够坚持战斗、争取胜利而不动摇信念的根本保证。后来在第一次国内革命战争中苏俄模式的政工制度又被国民党引入，在此后一个相当长的时间、甚至至今都可以在国民革命军的政战体系中看到苏俄红军的影子。
白军
白军虽然人多势众、来势汹汹，但他们面临的问题却不像红军的问题那么好解决。有些问题短时间来看也许并不是很危急，但如果放任下去，其后果无异于慢性自杀。
首先是兵员的补充，在内战的初期白军拥有技战术水平高出对手很多的高素质兵员，白军中受过良好教育训练、经验丰富的军官充裕到可以作为普通步兵使用。高素质的兵员是白军最大的优势，而补充这些高素质兵员的伤亡，则是白军面临的最大的瓶颈问题。毕竟有热情参加白军的旧军人和贵族军官在数量上远远不能与支持革命的工人士兵相比，更何况白军在占领区没有建立起有效的行政体系，也就不可能有完善的动员体制，不要说高素质兵员，就是“壮丁”恐怕也难以补充，即使有动员和补充，量既不足，在质上更远远不能与最初的那些职业军人相比。无法克服兵员补充的瓶颈，白军就只能是一支“一次性军队”，它的每一点消耗和损失都几乎是无法恢复的，每打一仗——即使是胜仗——就削弱一分，胜利越多，损失越多，实力越弱，离最终的覆灭也就越近了。
白军在军事上另一个无法克服的问题是缺乏统一的领导与指挥。在苏维埃政权的各路敌人当中，有忠于资产阶级临时政府的——亚历山大·克伦斯基，有妄图复辟诺曼洛夫王朝和沙皇专制的——高尔察克、邓尼金，有想趁着天下大乱借机恢复故国争取民族独立的——卡尔·古斯塔夫·曼纳海姆、毕苏斯基，有想割据一方占地为王的——彼得留拉，有想换取自由和回家的机会的——捷克军团、有纯粹就是看不惯苏维埃政府的政策、方针和路线的——叛乱的哥萨克、甚至还有干脆就是打家劫舍过了今天不想明天的流寇——马赫诺。
这些力量虽然都与苏维埃政权为敌，但他们的政治信仰和目标却千差万别，存在着无法调和的矛盾。即使是目标立场大致一致的力量，彼此之间也缺少人望、能力都足以服众的领袖人物(由此看来对俄罗斯皇族和被俘的白军主要将领的果断处置，应该也有消灭白军为之团结战斗的精神支柱和偶像的考虑)。这些都决定了他们不可能在军事行动上协调一致、密切配合，也就难免被内线作战的红军各个击破了。
不仅他们，参与进苏俄内战的外国干涉军也是各怀鬼胎：德意志第二帝国是为了彻底解除俄国继续与其作战的能力，消除两线作战的威胁，同时以俄国的资源补充本国原材料和农产品的不足与损失;英国是为了恢复和维护一个对本国和协约国集团既依赖又合作的俄国政权;法兰西第三共和国是为了防止德意志第二帝国利用俄国的资源和协约国援助俄国的武器物资继续战斗，并企图在由沙俄统治下恢复独立的民族国家中扩展自己的影响;日本帝国是为了攫取俄国在远东地区的领土和权益;美国纯粹是为了和其他协约国成员在行动上保持一致。