1588年2月9日圣克鲁斯在里斯本猝然死去，终年62年。圣克鲁斯是勒班陀海战的英雄，从葡萄牙人手中夺回大西洋要冲亚速尔群岛的特塞拉海战的胜利者，赫赫有名的无敌舰队总司令。西班牙国民惊悉他的噩耗，无不表示深深地悼念和悲叹。圣克鲁斯一死，腓力二世立即任命安达卢西亚地方总督，比圣克鲁斯年轻24岁、年仅38岁的西多尼亚接任无敌舰队总司令的要职。西多尼亚出身于名门贵族，是一个德高望重的优秀行政长官，曾屡次出色地完成了为无敌舰队补充物资和征兵的任务。
西多尼亚长途跋涉来到里斯本。他所面临俄现实是令人难以置信的、一片惊人的混乱。圣克鲁斯暴卒以来，里斯本港内舰队的管理完全陷入了无政府状态，缺乏具备权威和自信、能解决这种混乱状态的领导者。因此，扭转这种混乱，使准备工作步入正轨，乃是西多尼亚必须解决的紧急课题。然后他启用了几位私人幕僚。其中一位是为东印度航路护航的卡斯蒂利亚加里昂舰队司令迪戈·弗洛雷斯·德·瓦尔德斯，他还是潮汐和海流方面的专家，曾参与加里昂船设计工作，是很有才干的人物。另外还任命船员出身、经验丰富而且德高望重的迪戈·德·马尔多纳多和马罗林·德胡安两人为参谋。又从重炮兵指挥官中借用意大利炮术专家任炮术参谋。西多尼亚同三位可靠面得力的助手一起，踏踏实实地克服了重重困难，使舰队的起航准备工作顺利地进行着。
过去以地中海为舞台的西班牙舰队的战舰，均以加里船之间接舷肉搏战为主，所以，西班牙舰队舰载大炮的配备要比英格兰舰队落后的多。为此，圣克鲁斯曾写信给国王，强调准备大型火炮的必要性，加之军事会议也要求国王提供筹措大炮的资金，终于这个要求得到腓力二世的批准。
铸造大炮在当时是一门十分困难复杂的技术，而大多数优秀的铸炮工匠都在英格兰国内。同时，大炮的价格非常高昂，特别是作为炮身材料比铸铁优异地多的青铜，更为贵重，能制造长炮身的卡巴林炮的设备甚少。因此，虽说由西多尼亚的努力，无敌舰队舰载大炮的质和量两方面都得到大大加强和提高，但是远射程大炮不足仍然是无敌舰队的最大弱点。为了加强主力舰加里昂船的备用炮，只得采取权宜之计，忍痛牺牲其他舰船上的备用炮。
另一方面，加入舰队的各种舰船也都有了显著增加。到1588年4月底为止，编入无敌舰队的各种大小舰船已达130艘。
陆续到达里斯本集结的船只都在忙于维修和保养。无敌舰队差不多所有的乘员都用盔甲、长矛和火枪装备起来了。炮弹的补充也比较顺利，每门大炮配备50枚炮弹，当然这个数目并不很多，但已大大超过圣克鲁斯当初所要求的30枚之数。同时根据意大利炮术专家的建议，又比原来增加了一倍半。
西多尼亚成功地说服了腓力二世推迟出发日期，为舰队的加强和保养 时间，因此得到舰队内部日益加深的信赖。但是，无论他如何努力，仍然解决不了食粮和船员不足十分严重的问题。这个问题得不到改善，而且越来越恶化了。尽管存在着种种缺陷和重重困难，但再也不能无视腓力二世再三下达的起航令了。
1588年4月25日西多尼亚陪同腓力二世的代理总督来到里斯本大教堂。大主教宣读了祈祷文，祈祷无敌舰队这次远征大业一举成功。