精疲力竭的西多尼亚公爵直接返回了他的庄园：李卡尔德的旗舰抵达了毕尔巴鄂港，但他却在几周后死去。很快，无敌舰队失败的消息传到了腓力二世的王宫。据说他在听到这个消息后说了这样一番话“我应该感谢上帝,使我具有这样大的权力,假使我愿意的话,我可以很容易地再建立一支舰队。只要源头不断,那么一道流水虽然有时会被阻止, 但对源头并无太大的作用。”
另一方面为伸张新教神圣大义而战的英格兰人，同样也相信无敌舰队是毁于神风。在伊丽莎白女王授予霍华德的勋章上，就刻着“万能的主一呼吸，敌人就抱头鼠窜”的字样。而且荷兰诗人用拉丁语为新教徒信仰得胜而祝福时，所颂扬的也只是上帝的特别恩宠，而只字不提英格兰将士们的勇敢和无畏精神。
既然英格兰和荷兰都不约而同的把胜利归功于上帝对新教徒的施恩和庇护，腓力二世干脆顺水推舟，把无敌舰队归咎于神风不作美之故。因此，曾屡次呈送错误情报而威风扫地的西班牙驻巴黎大使门德萨，给腓力二世送了一封信，极力摆脱其窘境。
腓力二世在信中划伤了着重线，在空白处写道：“谦虚地学习通往胜利之道”。
确认上帝大义正确性和合理性的腓力二世，迈上了重建无敌舰队的轨道。但是第二次无敌舰队远征，却是在8年之久的1596年10月。
第二年，英国也组织了类似的大规模远征行动，即科伦纳·里斯本远征，但确是不成功的，给英国经济造成严重的损失和人员及舰船的惨重损失。