劣势
日军一直认为美军的主攻方向是在南太平洋，当美军开始进攻吉尔伯特群岛时，日军毫无准备，只得临时拼凑兵力进行增援，联合舰队先后组织了三支舰艇编队支援，运送弹药补给;运载支援部队。就在调动积极备战时，传来马金岛失守的消息，眼看增援无望，只得取消行动。当吉尔伯特群岛战役打响时，日军部署在马绍尔群岛的飞机已有相当部分被调去拉包尔，仅存飞机40余架。
反击
美军以第50特混编队的第1大队负责压制马绍尔群岛的日军航空基地，但起先只对马绍尔群岛南部距离吉尔伯特群岛较近的机场进行了攻击，11月20日，日军却从马绍尔群岛中部罗伊岛机场起飞16架鱼雷机，在塔拉瓦岛以西55公里处发现了美军的第50特混编队第3大队，随即投入攻击，其中，“独立”号航母被一条鱼雷命中，主机舱、锅炉舱和弹药舱都破损进水，舰员死17人，伤43人，被迫撤离战场，返回珍珠港大修。此以后的几天里，第1大队对所有作战半径能够到达吉尔伯特群岛的机场全部进行了反复攻击，在美军的强有力的压制下，日军在马金岛登陆作战期间无法出动一架飞机前去增援。直到11月23日，才勉强从马洛埃拉普出动了19架战斗机，结果中途遭到美军30余架飞机的截击，被击落9架，其余10架被迫返回。
11月24日后，日军从特鲁克等地调集飞机加强马绍尔群岛的航空兵力量。
11月25日，日军从罗伊岛出动13架岸基攻击机，于下午出击，天黑后进行攻击，没有取得任何战果，11月26日14时，日军从马洛埃拉普起飞16架攻击机，于18时许对美军第50特混编队的第2大队进行了攻击，依然没有取得战果。11月28日，日军又从马洛埃拉普起飞10架攻击机，攻击了美军第50特混编队的第4大队，还是毫无所获。
战果
除了航空兵外，日军还出动9艘潜艇进行了反击。11月24日凌晨，在马金岛西南海域，5时13分，日军“伊—175”号潜艇发射的鱼雷命中“利斯科姆湾”号护航航母。5时35分，“利斯科姆湾”号护航航母因弹药舱爆炸并引燃大火，舰体折断而沉没，包括马林尼克斯少将在内650人丧生。这也是日军潜艇所取得的唯一的战果。日军将潜艇集中于美军舰艇频繁活动的海域，在水面舰只和飞机严密警戒的海域，加上多次变更部署，导致潜艇在运动中接连暴露，此后，日军潜艇未取得战果，反而有6艘潜艇被击沉，另3艘也带伤返航。