1991年6月，斯洛文尼亚共和国经10天的小规模陆战达成独立(史称十日战争，又称斯洛文尼亚独立战争)、紧接着与塞尔维亚长期处于矛盾阶段的克罗地亚也宣布独立、马其顿宣布独立
这期间并未引起南斯拉夫人民军的妨碍，因为塞尔维亚人很少在这些国家的人很少。其实这已经不完全属于内战了。各国家都对联盟失掉信心，但都努力在为自己多争取一块土地。
从波黑宣布独立至此大规模战役爆发了。
此外塞尔维亚国内的科索沃自治州也意图独立最后和塞尔维亚引发科索沃战争。战争一直延续到后来美国和北约的介入，至此才得以平息。
战争中各种残害引起了人们的极大不满，当属波黑战争时的“种族清洗”为甚。
两万多名穆斯林女子被关进集中营任由蹂躏和侮辱，虽然后来很多女子怀孕之后被释放，但留在她们心中的痛是无法抹去的，而她们再也不能像以前一样，甚至家都无法回。而造成这些恶果的就有塞尔维亚的人民军。
然而伤害是互相的，塞尔维亚的士兵被穆斯林抓获后会被迫接受割礼。