第三次荷印战争发生在1948年12月至1949年11月，是印尼再次反对荷兰进攻的战争。
1948年印尼发生内乱，爪哇的局势一片混乱，迫害共产党人的“莱莉芬事件”就发生在这年的9月。在这次事件中“据估计至少有8000人”死亡。在以后的逮捕中，“约有35000人被抓进监狱”。印尼的内乱为荷兰提供了“粉碎共和国”的机会。
1948年12月18日荷兰发动了第二次“警察行动”，印尼共和国的首都日惹被占领，苏加诺、哈达等印尼领导人被荷军俘虏，印尼共和国所辖国土和人口大为缩小。印尼军队再次退入山区，坚持游击战争，并在全国建立了游击行政区。
1949年1月，美国开始向印尼渗透，并向荷兰施加压力。1月28日，联合国安理会通过了美国关于要求荷印双方停火，荷兰释放印尼领导人并“移交主权”的提案。1949年11月，荷兰与印尼在海牙签订《荷兰—印尼协定》，规定由印尼和15个联邦组成印度尼西亚联邦共和国，并在此基础上与荷兰王国组成荷兰印度尼西亚联邦;由荷兰女王为联邦国王，一切外交和财政贸易全由荷兰控制;印尼政府无权与其它国缔结贸易协定与条约并要偿还对荷兰及其它国家的43亿盾债务;荷兰军事代表团和荷兰官员仍留驻印度尼西亚。据此协定荷兰把除西伊里安以外的全部领土主权移交给印尼联邦共和国。12月19日，印尼联邦正式成立。27日，在荷、印两国首都阿姆斯特丹和雅加达举行移交主权仪式，荷兰在印度尼西亚340多年的殖民统治宣告结束，荷属东印度当局被撤销，印尼联邦参加荷印联邦。
1954年8月，荷兰--印度尼西亚联邦被取消，荷兰军事代表团和荷兰官员全部撤离印尼。
1956年4月，苏加诺在苏联、中国等国的支持下，宣布废除《荷兰—印尼协定》，印度尼西亚成为一个完全自主的主权独立国家。
1957年12月8日，印度尼西亚总理兼国防部长朱安达以最高军权执掌者的身分宣布，印度尼西亚国内的所有荷兰种植园以及种植园附属的工厂和农业试验站等一律由印度尼西亚政府实行管制。陆军参谋长纳苏蒂安和财政部长斯拉梅特在9日发表联合声明，宣布对小公银行、安达银行和亦土公银行这三家荷兰银行的雅加达总行和在其他地方的分行实行军事管制。此外，在东爪哇、西爪哇、北苏门答腊和苏拉威西的望加锡，印度尼西亚的工人和青年接管了一些荷兰银行和企业，或者对这些银行和企业实行监督。
1959年，仍处于荷兰统治下的西伊里安举行选举，成立巴布亚议会，并筹备于1961年4月5日独立。当时议会已决定了新成立的国家的国号为西巴布亚，订立了新的国徽、新国歌，以及以晨星为图案的新国旗。新国旗于1961年12月1日升起，并与荷兰国旗并排。1961年12月18日，印尼派兵占领西巴布亚，宣布西巴布亚为印尼的一个省——伊里安查亚省。至此，荷兰的势力彻底退出了印尼群岛，荷兰在亚太地区的殖民地全部丧失。