1932年5月，一位玻军少校乘飞机巡视北查科时，发现一个大湖。由于北查科炎热干旱，玻、巴两国对控制当地水源极为重视。一个面积广阔的湖泊，战略意义重大。
少校向政府报告了这一重大发现，并很快接到命令：迅速占领该湖泊。于是，他便带领着一支小分队赶往湖边。经过3个星期的艰苦行军，当他抵达湖边时却沮丧地发现，巴军已在湖边建起一个有10人驻守的哨所。由于兵力占优，少校决定发起进攻，这个被巴国称为“皮蒂安图塔要塞”的哨所很快陷落。
这只是一次不起眼的小冲突，却引爆了两国的全面战争，查科战争就此爆发。
战争初期，巴拉圭由于战争准备不足且装备陈旧，缺少武器，甚至有的士兵没有枪支而使用弯刀作武器。巴军因而明显处于下风。
玻军实力占优，准备也更为充分，连续拿下北查科的科拉莱斯、托莱多和博克龙等3座堡垒。萨拉曼卡于此时暂停攻势，开始积极寻求国际社会干预。
玻国的“如意算盘”是凭借战场上的有利局势获取谈判优势，迅速结束战争，保住胜利果实。然而，在国际联盟调停过程中，玻方提出的“必须获得巴拉圭河沿岸港口”的要求，被巴方一口回绝。同时，巴方还要求玻方将攻占的堡垒和要塞全数无条件奉还。双方分歧过大，调停失败，战争继续。
然而，这次“短暂调停”却给了巴国喘息的机会。巴国在这段时间里进行全国动员，兵力急剧膨胀。1932年8月初，巴拉圭进行全国总动员，总兵力从3000人迅速扩充到6万人。由何塞·费利克斯·埃斯蒂加里维亚(José Félix Estigarribia)中校指挥，于1932年8月12日收复皮蒂安图塔，1932年9月底收复博克龙，1932年10月23日夺取了玻军前线指挥部阿尔塞要塞，歼玻军1200人。
1932年12月，玻军改由德国将军汉斯·孔特(HansKundt)指挥。孔特是一位老派将军，他的上任并未能改变战局。巴军进攻仍在继续，战况也越发惨烈，双方不断拉锯。1932年12月，巴军进攻萨维德拉，双方在一块名为“七千米”的开阔地展开血腥战斗。此战，双方共投入2.5万人，依靠堑壕、机枪和重炮进行混战，阵地上尸横遍野，人称“凡尔登绞肉机”南美版。由于孔特指挥失误，草率反击，导致玻军2个师被全歼，这处战场也因此得名“血腥的七千米”。玻军自此一溃千里。到1932年底，巴军已攻占北查科30多个据点。在短短半年里，双方伤亡人敌超过3万。1933年初，玻军集中兵力进攻巴军要塞纳纳瓦，久攻不克，双方损失惨重。
1933年5月10日，巴拉圭正式对玻利维亚宣战。埃斯蒂加里维亚经数月准备，于1933年10月指挥2.5万名巴军在70公里长的战线上发起反攻，至12月中旬把战争推向玻利维亚占领的查科地区，歼玻军2个师、俘获8000人。玻军遭此惨败后，由佩尼亚兰达将军接替孔特负责指挥。
1934年1月，巴军向皮科马约河左岸玻军要塞巴伊维安发起进攻。
1934年3～7月，双方在此展开血战。1934年11月17日，巴伊维安失陷。至年底，巴拉圭控制归属有争议的北查科地区。
1935年1月中旬，巴军进入玻境，推进到帕拉佩蒂河畔。1935年2月，玻军从比亚蒙特斯发起反攻，将巴军击退。此时双方都损失惨重，均无力再战。
1935年6月，在国际联盟和周边国家的调停下，玻、巴双方实现停火。1938年，两国代表在阿根廷首都布宜诺斯艾利斯签订了《查科和约》。巴拉圭获得北格兰查科地区约18万平方公里的土地，并称之为“查科地区”(Chaco);玻利维亚获得约8万平方公里，并得到经巴拉圭河进入大西洋的航行权。阿根廷外长卡洛斯·萨维德拉·拉马斯因成功调解这次战争而获得1936年诺贝尔和平奖。
历经3年的查科战争，使两国共死亡10万余人，其中玻方约6万人，巴方约4万人，超过了这两个小国每年的人口增长数，使这两个本不发达的南美国家被拖到了崩溃的边缘。而对于战败玻利维亚的损失更加惨重，加上1883年硝石战争的失败，玻利维亚自独立后已经丧失了约50%的领土。
为了在战争中取胜，两国不惜大举借债，仅玻方借债便高达2.28亿美元。作为债权方，美孚石油公司等跨国企业在战后加深了对两国经济的控制，而维克斯等国际军火商更是直接从战争中获取暴利。另外，阿根廷、美国等国作为调停核心，借机在南美树立起了威望。