北宋靖康之变后，金兵立宋宰相张邦昌为皇帝，建立了伪楚政权。谁知道张邦昌是个扶不起的阿斗，当个皇帝都当的非常心虚，不敢称朕，不敢在正殿办公，还把孟太后接入宫中，尊称为宋太后。等到康王赵构来了，张邦昌赶紧把皇位让给了赵构。尽管表现得异常恭顺，赵构还是把张邦昌杀了。
金人看到赵构如此嚣张，火速派兵南下。赵构听到消息，火速率兵南逃。原以为逃过黄河来到扬州可以歇歇脚，不想金兵渡过黄河继续追杀。赵构也不含糊，这回连文武百官都不要，自己一个人逃出了扬州，然后一路沿着镇江、无锡、苏州不停逃跑。最后南宋小朝廷一干人等上气不接下气的跑到了杭州。而金兵由于长江天险阻隔，追击的脚步有所停顿，赵构得以在杭州歇歇脚喘口气。
然而就在赵构还没有喘匀一口气的时候，他的禁军部队却发生了一场哗变。这真是屋漏偏逢连夜雨。当时宋军最高指挥官是御营都统制兼枢密使王渊，是赵构担任天下兵马大元帅时最早归附赵构一批将领，因此深得皇帝信任。但是王渊为人极为贪财，就在准备渡江南逃的时候，他竟然下令用十多艘大船运输他个人的全部财产，导致奉国军节度使刘光世的军队和马匹滞留在江边，被金兵一网打尽。
尽管闯下了大祸，宋高宗依然宠信王渊，仅仅罢了王渊的枢密使职务，仍然让他做御营都统制。当时赵构身边的御营军对他的安排极为不满，军队内部议论纷纷，人心不稳。加上御营军都是北方来的士兵，而皇帝一路南逃，自己归乡无期，思乡之情让军队心生怨恨。此时御营军的另外两位将领苗傅和刘正彦看到了机会，觉得可以利用军队里的不满之情逼高宗罢免王渊，提拔他们俩。于是他们在军队里四处散播王渊与宦官康履勾结，侵吞军队财产和士兵粮饷的事情。等到军队的情绪被挑动起来之后，二人就发动了一场兵变。
其实当时高宗和王渊对军队的异常情况还是有所察觉的，但是还没来得及反应，兵变就已经发生了。这一天，苗傅和刘正彦率兵埋伏在王渊退朝的路上，等到王渊过来后，士兵们一拥而上，将王渊拖下马来殴打，王渊撒腿就跑，被赶上来的刘正彦一刀砍死。随后士兵们又来到宦官康履家里，大杀宦官，凡是没有胡子的男人都被当做宦官杀死。当时康履在皇宫内得以逃脱。
接着苗傅和刘正彦率领哗变的部队包围了赵构的皇宫，当时中军统制吴湛与苗刘勾结，打开了宫门引导军队入内。军队杀入皇宫，喊出的口号是“苗傅不想叛国，只是想为国家除害”。(《宋史卷475》中军统制吴湛守宫门，潜与傅通，导其党入奏曰：“苗傅不负国，止为天下除害。”)
百官无奈，只好请出高宗皇帝亲自和叛军谈判。叛军见到高宗，依然下拜高呼万岁，但是紧接着，苗傅和刘正彦开始大骂高宗，说他任人唯亲赏罚不明，之前有奸臣误国，却没得到应有的惩罚，而今像王渊这样的人，不能指挥军队对抗金兵，却因为结交宦官就能得到枢密使这样的职位，而我苗傅和刘正彦一路上屡立战功却没得到应有的封赏，实在无法让人信服。
高宗听了这个，心想这俩人也没什么大企图，就是想当官，好办。于是他说，既然你们已经杀了王渊了，我就把王渊的职务给你们，苗傅担任御营都统制，刘正彦担任御营副都统制，这样总行了吧。谁知苗刘二人却说，我们不是想当官，要想当官的话巴结宦官就行了，我们要你把身边宠幸的宦官，尤其是康履交给我们。高宗心里万分舍不得，还跟叛军讲情，说宦官不好就把他们流放就行了，不一定要杀了吧，结果叛军异口同声说宦官非杀不可。没办法，高宗叫人把康履用吊篮从城楼上吊了下去，士兵们冲上去一刀就把康履砍成两截。
原本以为事情到此就结束了，谁知道苗刘二人此时却提出了一个更过分的要求。他们在城楼下高喊：“皇帝陛下，你的皇位来路不正，等将来钦宗皇帝回来，你该如何自处?”(《宋史卷475》帝不当，即大位，渊圣来归，何以处也?)要知道，赵构的皇位不是从宋钦宗那里继承而来的，是从伪楚的张邦昌手里夺来的，因此赵构并不是名正言顺的继承了宋朝的正统。皇位合法性这件事一直是赵构心里的隐痛，一直生怕有人拿这件事做文章来质疑他，万没想到苗刘二人今天居然当众喊了出来。赵构当时冷汗就下来了，这是他无法回答的问题。苗刘两个大老粗这时还挺高兴，心想自己一句话问得皇帝都哑口无言，简直是太牛了。他们想不到的是，此时的赵构已经下了必杀之心，只是一直在等机会而已。苗刘接着提出，要赵构退位，太子继位，请孟太后垂帘听政。无奈之下，高宗把太后请来，结果太后断然拒绝了叛军的请求。但是此时叛军势大，高宗被迫答应退位，让自己刚满两岁的儿子赵旉。
兵变成功之后，苗傅和刘正彦就显出了大老粗愚蠢的一面，高宗和宰相朱胜非就一边与苗刘俩人应付，一边开始在苗刘军队中策反。苗刘希望迁都南京，被朱胜非以南京太靠近金兵为由给阻止了，后来又想把高宗赶到徽州和越州，也没能成功。他们甚至没想过做枢密使，掌握宋朝全国的军权。几天之后，高宗退位大赦天下的诏令传到驻守平江(苏州)的张浚军中，张浚敏锐的感觉到朝廷发生了变乱，于是会合了韩世忠、刘光世等各路军队起兵勤王。听到消息的苗傅打算绑架韩世忠的妻子儿女作为人质，结果宰相朱胜非却说不必如此，只要派两个人去平江当说客就可以让勤王的军队退却。苗傅居然相信了朱胜非的鬼话，放弃了绑架人质的念头。为了迷惑苗傅，张浚甚至伪造了一封书信故意让苗傅截获，书信的内容是夸奖苗刘二人对朝廷忠心耿耿，苗傅居然也信以为真。
张浚和韩世忠、刘光世集结完军队后，就联名传檄天下勤王。这时苗傅和刘正彦才慌了手脚，赶紧请高宗复位，然后请高宗给他俩赐了一到免死的丹书铁券。高宗赵构知道这俩人傻，于是在铁券里写下了“除大逆外，余皆不论”的句子，俩人乐呵呵的拿着铁券带兵逃到了外地。一场兵变闹剧不到一个月就结束了。
高宗复位，见到了救驾前来的韩世忠，痛哭流涕，暗自告诉韩世忠，边上的吴湛是叛军一伙的，韩世忠上前假装与吴湛打招呼，握手寒暄之际一把撅断了吴湛的手指，吴湛被下令斩首。逃跑的苗傅和刘正彦不久之后也被先后被韩世忠的部队擒拿，刚开始他俩还挺乐呵，说皇帝给他们丹书铁券允许不死，结果别人告诉他俩，铁券写的是除了谋大逆外，其他罪行可以不死，你们俩是谋反的大逆之罪，不能赦免，俩傻子最终被寸磔(千刀万剐)。
苗刘兵变虽然最终以失败告终，但是在高宗赵构心里却留下了一个巨大阴影，他认为，两个自己身边的禁军小军官居然都敢质疑自己的皇位合法性，并且敢带兵造反，那么手下那些掌握了军权各个将领就更加不让人放心，这也间接的造成了后来岳飞被冤杀在风波亭的悲剧。