天正十四年(1586年)，小牧之战以后，关东北条氏开始防范、警惕秀吉。同时，秀吉为使北条家臣服，要求北条氏政、氏直父子进京。北条家自持拥有天下最有名的城池--小田原城，对秀吉的要求不予理睬，而秀吉又一次以温和的态度对待北条家，尽量满足北条家的要求(为臣服三河的德川家康，秀吉不惜以自己的妹妹和母亲为人质)。
1589年11月，应北条家的要求， 秀吉给信浓国的真田昌幸下手谕，令他将沼田城让出来，而此城为真田家先祖之墓所在。昌幸犹豫之际，北条悄然以卑鄙手段将其夺来。尽管如此，秀吉仍然没有向北条家问罪，还是一再催促氏政进京。得了不少好处的北条家仍然不肯臣服，并特别声称北条与德川官位不同，待遇各异，不可同日而语。这激怒了家康，上书秀吉要求讨伐北条。正逢北条家部将猪俣邦宪强夺名胡桃城。名胡桃城代铃木重则自刃。在得到众多大名的相同意见后，秀吉同意对北条家开战。
北条氏政在看到挑战后，却自鸣得意。自认为关东与骏河之间山峦重叠，交通不便，敌人粮食运输上有困难，因此战争越持久越有利。更何况自家的小田原城宛如乌龟壳般难坚固，因此并不担心。但是氏政不知家康早已从伊势大凑的商人处购买了三百只 运粮船， 另外秀吉也命部下九鬼嘉隆、加藤嘉明率粮船从水路运粮。秀吉还在东海与京都之间架设驿站，以传递关东地图、城郭一览表、军事配备等消息。
万事俱备后，家康率数万骑兵为先锋，宇喜多秀家率水军，一起出征北条家。其他众多大名也纷纷出兵响应。北条军在节节退守之后终于生变。北条家老臣松田宪秀首先内应，其它将领也纷纷投诚。氏政则龟缩在小田原城内坚守，秀吉采取了围城的战略。经过长期的围城，小田原城内群疑蜂起、兄弟相疑、父子不睦。7月5日， 小田原城落，北条氏政、氏照被要求切腹，氏直被放逐到高野山。“天下第一坚城”小田原终于落入丰臣秀吉之手。
13日，秀吉入城，将北条家关东的领地封给了家康。此后，秀吉由小田原城出发，平定了奥州，终于统一了日本。