腓力再度介入希腊的纷争是跟另一场战争有关，在奥佐利亚洛克里(Ozolian Locris)的阿姆菲萨公民耕种了德尔斐南部克里西亚(Crisaean)平原上的阿波罗圣地。在经过内部争吵后近邻同盟会议决定对阿姆菲萨宣战，爆发第四次神圣战争。一个色萨利代表团建议腓力二世应该介入这场战争并成为近邻同盟的领导人，这使得腓力二世进军希腊有了借口。无论这事是否属实，或是腓力二世自导自演了代表团的请求，无论如何腓力二世都会想尽办法进军希腊。
在前339年战争爆发，底比斯人攻占温泉关附近的城镇尼西亚，原先腓力于前346年就驻扎了一支部队在那。腓力二世对这种近乎宣战的举动并没有表现出什么行为，但底比斯人此举却给腓力二世带来一个大麻烦，因为这封住了腓力进军希腊中部的主要道路。幸好还有另一条进入希腊中部的道路可以利用，这条通过卡尔利卓诺山肩(Kallidromo)进入福基斯的道路似乎被雅典和底比斯人所遗忘，或是雅典他们认为腓力二世不会走这条，因此他们并没有派重兵防守。如此，腓力沿着这条道路在毫无阻碍下进入希腊中部。先前腓力二世在前346年第三次神圣战争宽待福基斯人的作法开始产生有利的效果，当腓力抵达伊拉提亚(Elatea)时，他下令居民可以重新居住这个城市，在之后几个月的时间整个福基斯联盟再度重新建立起来，使腓力不仅在希腊有了一个基地外，还拥有一个对腓力相当感激的新盟友。
当初腓力进军至伊拉提亚，距离雅典仅三天路程，这让雅典陷入恐慌之中。而学者Cawkwell认为这是狄摩西尼最有声望的时刻，狄摩西尼他不屈服于当时绝望的气氛并起身单独对抗，他向雅典人提议应该要与底比斯同盟，而这个提议被雅典人所接受，并且由狄摩西尼担任前往底比斯的大使。同样的，腓力二世也派遣使者前往底比斯，并期望底比斯人能加入他这一方，或是至少让他的军队可以安然通过波奥蒂亚。而此时底比斯还尚未与马其顿正式开战，他们是有机会可以避免腓力与决战。然而，尽管腓力的军力迫近，底比斯人仍决定要与宿敌雅典结盟对抗马其顿，来捍卫希腊城邦的自由。此时雅典已经把军队移动到波奥蒂亚，就在与底比斯同盟后不久，两国合军。
这段期间因为雅典、底比斯联军固守从赫利孔山(Mount Helicon)进入波奥蒂亚的道路，当时斯巴达在留克特拉战役前用过此路，这使得腓力二世无法继续进军。腓力于是派遣军队快速向西行军至卡尔利卓诺山，并南下夺取了阿姆菲萨并驱逐其公民，把阿姆菲萨交给德尔斐，由近邻同盟会议决定如何处置阿姆菲萨，同时腓力还设法用外交手段让自己与希腊城邦之间的冲突不要再扩大，但手段没有成功。马其顿军进驻阿姆菲萨此举，使得雅典、底比斯联军退路有被切断的可能，被迫往后撤到喀罗尼亚。此时腓力二世认为从阿姆菲萨到喀罗尼亚的道路不适合会战，随即快速回到卡尔利卓诺山，再火速向东通过伊拉提亚，转南占领先前雅典、底比斯联军所固守的据点，这个军事上的调度成功迫使雅典、底比斯联军放弃先前有利地势。
关于喀罗尼亚战役前夕的战争细节几乎不可而知，腓力二世可能在前339年11月进入福基斯，但直到前338年8月的喀罗尼亚战役前都没爆发什么重要战役。而两军想必在大战前有些小规模冲突，因狄摩西尼曾在演讲中提到在冬天的战斗和在河边的战斗，然而这些并没有提到些细节。之后腓力在成功迫使雅典、底比斯联军后，在前338年8月，他继续沿着主要道路向希腊城邦联军进击，两军随即在喀罗尼亚附近展开会战。