德国农民起义的原因有许多。16世纪初在德语地区的南部，尤其是在士瓦本地区有许多小的封建贵族领地。许多当地农民的问题是地区性的、由当地贵族领主造成的。这些小封地造成了其领主的视野非常狭窄，互相之间矛盾，这阻止了当地的经济发展。
但是起义得以扩展到其它地区以及达到其程度的最主要的原因来源于当时农民作为社会内人数最多的阶层的总状况。这个总状况在不同的领主手下差别并不很大。
农民的情况
封建制度的基础是农民：封建领主、贵族、官员、城市贵族和僧侣全部依仗农民的劳动力。由于这些享受者的数目不断增加，其费用也不断提高，而这些费用需要通过农民的税务和徭役来提供。除了其收入和收成上的什一税外他们还必须交杂税、关税和租金，此外还要为其领主承担徭役。在上士瓦本、符腾堡、弗兰肯、萨克森和图林根农民习俗上将其土地分给儿子，这导致了在土地面积不增加的情况下农民的土地越来越小。由于税务和支出依然非常高许多极小的农民实际上入不敷出。
经济上的困难、经常发生的坏收成以及领主施加的巨大压力使得越来越多的农民沦为农奴，这使得他们必须付更高的租金和更多的徭役。
此外越来越多的领主对于过去遗留下来的、口头的“老法”的解释越来越宽，或者干脆忽视这些习惯法。公共财产被没收，公共的牧地法、伐木法、打鱼法和狩猎法被限制或完全被废除。
帝国的状况
神圣罗马帝国内部的高层贵族对于改善农民的状况不感兴趣，因为这样的话他们不得不放弃一些特权。低层贵族本身受到没落的威胁，他们的地位大降，这导致了此前他们就发动了自己的起义(普法尔茨骑士起义)。许多下层贵族试图通过强盗生活来维持其生机，而这又进一步加深了农民的负担。
僧侣阶层也反对改革：天主教是当时封建制度的一个支柱，天主教的机构本身就是封建领主。几乎所有的修道院均有自己的村庄。教会的收入来自捐献、贩卖赎罪券和什一税。后者也是贵族最重要的财源。
唯一的要求废除旧的封建结构的呼声来自城市中的市民阶层。但是他们也受贵族和僧侣的影响，因此这个呼声很弱。
宗教改革
当时教会内部的情况非常糟糕，许多神职人员依靠富人的遗产和赠送以及穷人的税收和捐献过着奢侈的生活。在罗马依靠裙带关系和买卖圣职就可以得到职位和权势。教宗本身从事战争、大兴土木、促进艺术。
在马丁·路德之前就已经有人(比如佛罗伦萨的吉罗拉莫·萨伏那罗拉)批评这个状况。1517年多明我会修士约翰·特泽尔受身负重债的美因茨大主教阿尔布雷希特和教宗良十世的派遣周游德国，贩卖赎罪券，这使得路德非常愤怒，他撰写了《九十五条论纲》，传说将这些论纲贴在维滕堡教堂的大门上。
苏黎世的慈运理和日内瓦的加尔文公开认为任何人都可以不通过教会直接与上帝接触，获得其灵魂安宁。这样一来他们推翻了天主教会的信仰霸权，由此向农民证实了许多神职人员违反了他们自己的教义，大多数这些人无用。