1525年3月末施瓦本联盟的军队来到乌尔姆。在多瑙河下游方向不远处的莱普海姆有约5000农民聚集抢劫当地的修道院和贵族庄园。施瓦本联盟的军队因此向莱普海姆进发，在路上就已经击溃了多群抢劫的农民。4月4日在莱普海姆附近爆发了第一场大规模的战斗。当地的农民战败。莱普海姆必须付罚金，农民的领导人被处死。
同年四月初农民在内卡河谷和奥登瓦尔德山脉起义。1525年复活节(4月16日)他们聚集在瓦恩斯贝尔格。起义农民将被大家都痛恨的路德维希·冯·海尔丰斯坦伯爵(神圣罗马帝国皇帝马克西米连一世的一个女婿)及其骑士折磨致死。这个事件导致了农民获得了一个血腥和抢劫的名声，使得许多贵族反对他们。作为惩罚瓦恩斯贝尔格因此被焚毁。农民的首领被处火刑。剩余的农民与由弗兰肯贵族弗洛里安·盖依领导的农民会合，组成了一支有1.2万人的起义军。在古兹·冯·伯利辛根的领导下他们对抗美因茨和维尔茨堡的大主教以及普法尔茨选帝侯的军队。
4月12日施瓦本联盟的军队与博登湖最大的农民军作战并很快获胜。农民被解除武装，每人必须付很高的罚金。
1525年4月13日施瓦本联盟的军队在军事训练上比较良好的另一支农民军前不得不撤退。一天后在巴特乌尔扎克遇到了阿尔戈伊的农民军。施瓦本联盟军的首领与农民谈判并促使农民解除武装。4月20日他在魏恩加腾与博登湖的起义农民达成协议。他保障农民可以安全撤退，并且让一个仲裁法庭来决定他们的要求。
1525年4月16日符腾堡的农民聚集，约8000人首先占据斯图加特，5月迁往伯布林根。
在施韦比施哈尔和施韦比施格明德也有一些农民聚集，约3000人抢劫了劳赫和穆尔哈德的修道院，霍亨施道芬堡被焚。在克赖希高和奥尔滕瑙也有修道院和城堡被抢劫和焚毁。
博登湖的起义被平息后施瓦本联盟的军队开始向内卡河进发。在巴林根、内卡河畔的罗滕堡、海伦贝尔格以及1525年5月12日在伯布林根农民军虽然数量众多但是均被击败，其首领南逃。1525年6月2日内卡河谷和奥登瓦尔德山脉的农民也被击破。
1525年5月23日一群约1.8万人的南黑森林农民占领弗莱堡。此后其首领打算去给围困在拉多夫茨尔的农民解围，但是只有少数人跟随他，大多数人决定回家种地去。因此解围的军队人数很少，很快就被斐迪南一世的军队消灭了。1525年6月4日施瓦本联盟的军队在维尔茨堡遇到了由古兹·冯·伯利辛根领导的农民军，古兹·冯·伯利辛根在作战前夜借口逃跑，因此第二天农民军没有首领，在两个钟头内约8000农民丧身。
此后施瓦本联盟的军队再次南下，7月末在阿尔戈伊战胜了最后一批起义者。这支军队在四个月内转战了1000多千米。
此前，1525年5月15日，在弗兰肯豪森战役中由托马斯·闵采尔领导的图林根的起义军就已经被领主军队战败了。闵采尔被俘，于1525年5月27日在穆尔豪森被砍头。其它许多小起义也被镇压，在9月份所有的战役和惩罚均结束。