起义者
对起义者来说其后果悲惨。估计在镇压过程中约十万农民丧生。幸存的农民自然被剥夺公权，丧失任何权利，任何人都有权追杀他们。许多领导人被处死，许多参加者和支持者受惩罚，有些惩罚非常残忍。许多人在起义被平定后被领主判砍头、刺眼、断指等刑罚。也有许多人被迫交罚金，而且由于他们已经必须交许多税根本无法交这些罚金。许多镇失去了其权利，因为它们支持了农民，有些城市丧失其法庭权、节日被禁止、城墙被拆除、所有武器必须上交、晚上酒店不许开门等等。
在部分少数地方农民战争为农民带来了好处。有些地方领主与农民制定合同来解除过去的恶状(比如在1526年施派尔帝国议会上就坎普顿修道院的问题签署了这样的合同。在许多地方农民的处境不像过去那么不明确，他们不必向他们的地主，而是直接向他们的领主缴税。
军队首领
对于镇压农民起义的军队首领来说这次行动收获非常大。比如施瓦本联盟的军队的首领在上施瓦本获得了许多土地。他们也乘机抢劫和勒索农民来支付他们的雇佣军的军费。
帝国
一些农民军(比如在蒂罗尔)在此后还坚持了数年。有些被剥夺公权的农民直到数十年后还在深山老林中当强盗。但是此后300年中没有再爆发大型的农民起义。一直到1848年的三月革命中农民在1525年的《十二条款》中提出的要求才完全被实现。
对于整个帝国的经济来说丧失十万农民是一个巨大的打击。这使得整个德国的政治体系在此后没有改革的机会，在三十年战争中成为其它强国的战场。