公元184年的东汉朝廷，君臣都在变着花样作死。汉灵帝正想方设法敛财，朝里的诸公也正忙着争斗，清流要整死宦官，宦官也要整死清流，外戚一会儿帮宦官，一会儿帮东林党。大家正打得不亦乐乎的时候，突然“砰”的一声，发生了一件惊天动地的大事：黄巾起义了。
其实在公元183年，就已经发生了全国性的大旱，不少地区颗粒无收，而喜欢作死的汉灵帝竟然不减赋免税，这简直就是“官逼民反”的节奏啊。于是在重灾区冀州，跳出来一个叫张角的人，自称“天公将军”，号召已经吃不上饭，眼看就要饿死的灾民：“苍天已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉。”“苍天”指汉王朝，汉代官员军队的衣服以苍青色为主。“黄天”是指黄巾起义军。而且根据五德始终的说法，汉为火德，火生土，而土为黄色。戴上黄头巾，就能灭了汉朝，天下大吉了。大伙一听眼睛都红了，操起砍柴的柴刀，割麦子的镰刀，刨地的锄头，烧毁官府、杀害吏士、四处劫略，一个月内，全国七州二十八郡都发生了起事，黄巾军势如破竹，州郡失守、吏士逃亡，震动京都。
其实，张角要起事已经预谋了很久了。在黄巾起义之前，东汉就已经有了许多的地方起义，而这些起义几乎都打出了某位尊神的名号，并以其为领导者的自称。据史书记载，黄帝、黄帝子、黑帝、无上将军、真人、太初皇帝等旗号都打出来过。这些名号，并不是随随便便打出来的，每种名号都代表了某种宗教信仰。虽然这些起义最终都以失败告终，但给了不安分的张角一个很好的借鉴：以宗教的名义发动农民起义，很有效;同时张角也得到了一个宝贵的经验：这些宗教都太没有组织性了，简直就是乌合之众。
因此，张角准备自己创立一个宗教，然后在合适的时候给腐败的东汉一刀。张角领着两个弟弟张宝、张梁，创立了一个叫太平道的组织。为什么叫这个名字呢?因为张角有一部号称天授神书的《太平经》，故以此为名。
张角担任太平道的掌门人，自称大贤良师，持九节杖，在民间传统医术的基础上,加以符水、咒语，为人治病。并以此为掩护，广泛宣传《太平经》中关于反对剥削、敛财，主张平等互爱的学说、观点，发展了很多信徒。张角又派出八个弟子，到四面八方去宣传教义，发展徒众，“以善道教化天下”。十余年间，太平道信徒遍布青、徐、幽、冀、荆、扬、兖、豫八州，达数十万人。信徒主要是农民，也有城镇手工业者，甚至个别官吏、宦官也都入了教。张角将教徒划分为三十六方(即教区)，大方万余人，小方六七千人，每方设渠帅负责统领。
公元184年，张角眼看起事的时机差不多了，就准备在这一年的三月五日举行大起义，命令各方首领及信徒开始着手准备。一大方的渠帅马元义潜入京城洛阳，发展了宦官中常侍封谞、徐奉为内应，准备里应外合。可是在起义前一个月，太平道教徒济南人唐周叛变，向东汉政府告密，起义计划泄露。张角鉴于起义之事已暴露，当机立断，连夜通知三十六方，即刻举行起义。于是，轰轰烈烈黄巾起义爆发了，以势不可当的姿态席卷全国。
汉灵帝一见太平道如此厉害，慌了手脚，赶紧让大将军何进率左右羽林军驻扎在都亭，把京师守住;又命令自函谷关、大谷、广城、伊阙、轘辕、旋门、孟津、小平津等各京都关口，都驻扎上军队，这下才稍微放心点了。接着就下诏各地严防，命各州郡准备作战、训练士兵、整点武器、召集义军。
这时候有个叫皇甫嵩(东汉末名将)的上谏要求解除党禁，拿出皇宫钱财及西园良马赠给军士，提升士气，而吕强(东汉宦官)又对灵帝上言：“党锢之祸积怨日久，若果与黄巾合谋，恐怕已经无救了。”汉灵帝接纳提案，于是大赦党人，发还各徙徒，要求各公卿捐出马、弩，推举众将领的子孙及民间有深明战略的人到公车署接受面试。
然后拜卢植为北中郎将，命护乌桓中郎将宗员任其副手，率领北军五校(即屯骑、越骑、步兵、长水、射声五营)的将士，前往冀州与张角主力周旋。又拜皇甫嵩为左中郎将、朱儁为右中郎将，各领一军，讨伐颍川一带的黄巾军。
汉军在首战并未得利，这年四月，朱儁军就被黄巾波才(黄巾军将领)击败，把朱儁围困在长社(古县名，治所在今河南长葛东)。皇甫嵩赶紧过来支援，一起进驻长社防守，却被波才率大军围城，汉军人少，士气低落。
五月，京师又派曹操率军支援皇甫嵩。不过援军快到时，皇甫嵩已心生一计，傍晚时分吹起大风，皇甫嵩命士兵手持火把暗暗出城，利用黄巾军营寨周围的杂草，用火攻大破敌人，大呼进攻，城上亦举出火把响应，皇甫嵩以鼓助战，冲入敌阵，黄巾军大乱，四处奔走。加上曹操的援军到了，黄巾军被皇甫嵩、朱儁和曹操三面夹击，大败。
皇甫嵩与领朱儁军继续进击汝南、陈国的黄巾军，追击波才到阳翟，并在西华大败彭脱(黄巾军将领)，剩下的军队想逃到宛城，却被朱儁的部下孙坚抢先登城，于是大军前后夹击，大破黄巾军。至此，豫州一带的黄巾军基本被荡平。
另一方面，卢植也与张角打了几场恶战，张角损失了万多人，于是撤退到广宗固守，卢植建筑拦挡、挖掘壕沟，制造云梯，马上就能攻下城池。正好汉灵帝派左丰(东汉宦官)视察军情，有人劝卢植贿赂左丰，但卢植不愿意，结果左丰就向灵帝诬告卢植作战不力。汉灵帝一听大怒，让人把卢植抓回京，接着下诏重新调整战略：皇甫嵩北上东郡;朱儁则攻南阳的赵弘;而以董卓代替卢植。
朱儁与荆州刺史徐璆及南阳太守秦颉共率一万八千兵围攻赵弘，但从六月打到八月，也没有能攻克，京师有人上奏议要把朱儁调回来，但太尉张温反对，汉灵帝才作罢。得到这个消息的朱儁着急了，下令急攻赵弘，赵弘被杀，由韩忠继任。但朱儁兵力实在太少，于是解散城围，建筑阵垒，堆砌土山，面对城内，鸣鼓呐喊，摆出进攻城西南的态势。黄巾军被引开，朱儁则亲率五千精兵掩杀东北，偷袭敌人后方，攻入城池，韩忠唯有退守小城。韩忠打了败仗，就想投降，但朱儁不接受，他认为如接受的话，会给百姓“有利为贼，无利乞降”的错误观念。但打了几战也没能打败，朱儁登上土山查望黄巾军营，突然明白黄巾军没有退路，求降不得只能尽力一战，所以未能攻克。于是朱儁围三缺一，韩忠果然偷跑，朱儁随后追杀数十里，斩杀万多人，韩忠投降被杀。这导致余下的黄巾军更不会投降，又推孙夏为帅屯兵宛中。朱儁再次进攻，孙夏败走，汉军追至西鄂精山，斩杀孙夏及数万人，黄巾军解散，宛城一带也就此平定。
皇甫嵩在八月到达东郡，大破黄巾军，斩杀七千多人。这时，张角占据广宗，控制河北腹地，卢植为宦官所诬，被召回，而董卓进攻张角不利，汉灵帝便让皇甫嵩继续北上。在这紧要关头，张角病死。张梁继任首领，皇甫嵩进攻广宗，没能得手。第二天，皇甫嵩闭营与士兵休息，同时派人观察敌军举动，黄巾军于是放松警惕，皇甫嵩便乘夜率兵，在黎明时分突袭敌阵，战至下午，成功大破敌军，斩杀张梁及三万多人，逃走到河堤时溺死的有五万多人，焚烧车辎三万多辆，虏获人数甚多。而张角则被“破棺戮尸，传首京师”。十一月，皇甫嵩与巨鹿太守郭典攻打下曲阳，成功斩杀张宝，俘虏十多万人，黄巾之乱平息。
战事虽被平息，但这对汉室威信是一次严重的打击。然而，汉灵帝完全没有接受教训，照样享乐、卖官。于是各地因此不断发生小型叛乱，如黑山、白波、黄龙、左校、牛角、五鹿、羝根、李大目、左髭丈八、苦蝤、刘石、平汉、大洪、白绕、司隶、缘城、罗市、雷公、浮云、飞燕、白爵、杨凤、于毒等，势力小的有数千人，势力大的甚至有百万人，如张燕的黑山贼。
公元188年，黄巾军又进行了一次较大的起义，太原郡、河东郡、汝南郡几乎全部失陷，青州、徐州的黄巾军也死灰复燃。为了镇压平乱，汉灵帝接受太常刘焉的建议，把部分刺史改为州牧，由宗室或重臣担任，拥有地方军、政之权，以便加强地方政权的实力，更易控制地方，有效进剿黄巾余部。这一次权力的下放，助长地方军阀拥兵自重，互相攻击，逐鹿中原，甚至东汉皇帝也成了军阀手中的玩物。所以黄巾民变是促使东汉灭亡的导火线，也是三国时代的序幕。