明朝建文二年(1400)四月，建文帝派大将军李景隆率军60万，号称百万，进抵白沟河，欲意攻打燕王朱棣所在的大本营——北平(今北京)。
燕王朱棣闻讯，率骑兵、步兵共计10万人迎战。
四月二十四日，燕军从苏家桥(今河北保定东北方向)沿着白沟河河道进军，中了李景隆部将平安所部万余人的埋伏。
平安及瞿能父子督师奋战，诸将勇猛作战，燕王朱棣所率兵将死伤极为惨重，仓皇败退。
次日，朱棣气愤不已，再次率军渡河做战，平安再次迎战，又击败了燕军后军将领房宽的部队。
朱棣眼见兵败如山倒，为了压住阵脚，亲自率精锐数千人冒着箭雨杀入阵中，一时间李景隆军中大乱，死伤甚重。
此时，李景隆突然挥师绕到燕军的背后，进行前后夹击，燕军大乱，死伤无数。
朱棣率军攻打，双方混战，飞矢如雨，朱棣在军中三易其马，射光了三筒箭，宝剑也砍断，数次差点被瞿能生擒。可惜昏庸的建文帝下达了圣旨：“勿使朕有杀叔之名”。
致使士兵畏首畏脚，不敢将其射杀，朱棣多次死里逃脱。
傍晚时候，瞿能率兵多次杀入燕军阵中，俞通渊、滕聚等将领也领兵纵横厮杀，燕军惊惧，军中阵脚大乱。
正在作战形势向着有利于建文帝大将李景隆方面发展时候，诡异的一幕出现了。
此时，战场上猛然刮起了一阵旋风，居然把李景隆中军的将旗给刮断了!
军中士兵看到，人心惶惶，皆无心继续作战。
朱棣敏锐的捕捉到战机，火速派精骑绕到李景隆军后面乘风纵火，挥师猛攻，形势瞬间逆转。
瞿能父子被斩杀于阵中，俞通渊、滕聚、平安诸将被朱棣的儿子朱能率军击败。
李景隆军队旋即溃散败退，大军死伤约10万余人。
朱棣挥师穷追不舍，至月样桥，再次大败李景隆，李景隆手下士兵自相践踏，掉入河中溺死者数万人。
李景隆舍弃了军中全部辎重，部将投降十万余人。
五月初七，李景隆逃往济南。初九，燕军进入德州，获得大量粮食储备。
五月十五，燕军攻济南，六十万大军在李景隆的指挥下，仅残存十余万兵，也毫无战斗力，纷纷败退，李景隆再次仓惶逃走。
白沟河之战是靖难之役中决定性的战役。
仅此一役，建文帝心惊胆战，此后再也未能组织起来大规模的军事行动。
朱棣由此转守为攻，取得战事上的主动权。
此战结束后，由于打的实在是惊心动魄，双方士兵均伤亡惨重，即使是拥有丰富作战经验的朱棣，也在心中深深的留下了阴影。
朱棣登基后，想起当年为自己靖难之役中卖命的军士，为了安抚亡灵，听从了法师的建议，特地下旨，命人在战场开挖阵亡将士的头骨，将其磨成念珠，赐给了宫中的宦官，用以诵经念佛，以超度亡灵轮回。
有一部分又深又大的头骨，则被制成“天灵碗”，在其中盛上清水以供佛。
直到成化年间，兵部有个叫陆容的官员，奉命前往宁夏劳师，到库中领取军士的冬衣，还曾见到有负责管理库房的太监手持一串头骨念珠，经过长期的盘玩，这串头骨珠的颜色要比象牙的盘出来念珠还要成色好。明代陆容《菽园杂记》卷一:“太宗皇帝白沟河大战,阵亡军士积骸遍野。上念之,命收其头骨,规成数珠,分赐内官念佛,冀其轮回。