清朝是中国最后的一个封建王朝，而这个朝代的末期很是腐败，不过不应该用这个来以偏概全地评价清朝，在清朝的鼎盛时期，清朝在国家领土统一的贡献是非常巨大的，在三藩之乱中的建昌之战就是一个经典的例子。
当时吴三桂在衡州去世后，他的孙吴世瑶开始继任吴三桂的位置，他和叛军都撤到了贵阳，所以清军主力在湖南正面战场正展开攻势。1679年6月，康熙帝采纳赵良栋建议，命令驻守在陕西的抚远大将军图海进攻汉中和兴安，前往四川平定叛军。在同年8月，图海决定兵分四路进军。
图海率领署西安将军佛尼勒等人从兴安进军，兴安总兵程福亮成为后援驻守旧县关。平逆将军毕力克图和凉州提督孙思克等人从略阳进军，西宁总兵朱衣客成为后援驻守西河，奋威将军王进宝和汉中总兵费雅达从栈道进军，延绥总兵高孟成为后援驻守宝鸡，而提督赵良栋则从徽州进军。陕西提督赵良栋奉命率领军队在10月了攻占密树关，并派遣军队突袭黄渚关，以分散叛军的势力进而攻占徽州。此时孙思克的军队从略阳出发到达阶州，吴三桂的部下吴之茂就开始进攻略阳，计划断掉孙思克撤退路线。在27日，赵良栋率领清军从徽州攻占略阳，叛军失利后只好溃败逃走。
公元1679年11月，赵良栋攻占入蜀要道阳平关，徇沔县。当时王进宝从凤县出发前去平定汉中，后来在宁羌与赵良栋顺利会师。清朝在12月命令赵良栋为勇略将军，让他与王进宝分兵两路前往四川平定。在公元1680年正月，赵良栋的军队顺利进入四川。在白水坝的白水江与叛军对峙起来。江水涨高后，叛军用大石砸向清军的战船，使得清军被阻在江边。赵良栋命令部下按照他的指挥前进，并率领战马渡江，叛军看到此情形后连忙溃逃。清军攻克白水坝后收复了龙安府。在同月11日，清军到达成都的附近地区，叛军巡抚张文德等率领两百余名文官出来投降，成都也被顺利收复。
1680年正月13日清军有攻占了保宁，在18日又与建威将军吴丹等收复顺庆，川北大部分州县都已平定。28日，清朝以赵良栋为云贵总督，加兵部尚书衔兼勇略将军。在同年3月，吴世璠派遣叛军进攻四川。不久之后清朝命令赵良栋和吴丹各增兵两万，计划在8月间联合广西和湖南的清军，合攻云贵地区。叛军8月在四川展开攻势，胡国柱和王会等人攻占了永宁和叙州等地，并计划攻取建昌。
后来赵良栋派遣总兵朱衣客率领八千名士兵支援建昌，不过朱衣客在天王庙战败后退守到了雅州，后来建昌又被叛军攻占了。康熙帝在10月命令广西和湖南的清军速取贵州，平定云南。在公元1861年2月，清军进攻昆明。吴世瑶急调马宝和胡国柱等叛军将领支援云南。后来李芳述的军队在7月攻占了建昌，胡国柱的军队被迫溃逃，建昌又回到了清军的手中，使得清军控制了从四川进入云南的要塞。