康熙三十五年(1696年)清朝与厄鲁特蒙古准噶尔部战于昭莫多，这场战役是康熙皇帝在位期间唯一一次亲征，并歼灭了噶尔丹的主力，史称“昭莫多之战”。准噶尔部属于厄鲁特蒙古四部之一，居住在今新疆西北一带。噶尔丹本与清朝有着频繁的马市，清初在平定国内叛乱的战争中对战马的需求量很高，而噶尔丹为了发展当地生产，因此对与清朝的马市十分热衷，曾出现“千余人或数千人，连绵不绝”的场景。但是随着清朝陆续平定 “三藩之乱”、收复台湾，对马匹的需求也减少，因此清政府下令限制马市的谕令，这对噶尔丹来说无疑是重大打击。康熙二十三年(1684年)噶尔丹在未经清朝同意的情况下强行遣使入京，从此双方关系恶化。康熙二十七年(1688年)噶尔丹侵占喀尔喀蒙古，并在漠南地区与清朝发生激战，这场战役双方都损失惨重，未能分出胜负，是昭莫多之战的前奏。
康熙三十五年(1696年)五月十三日，清军与噶尔丹在昭莫多交战，昭莫多之战由两场战役组成：清军的追击战和双方的主力决战。此前，噶尔丹生计离间蒙古各部与清王朝的关系，遭蒙古王公告发后，清廷将计就计，令蒙古各部假意与噶尔丹结盟，趁机派兵攻打噶尔丹。此役康熙皇帝不顾朝廷主和派的反对，任命费扬古大将军为征讨厄鲁特军队的前敌总指挥，“悉以西路军,令其统领。”康熙皇帝十分重视与噶尔丹的这张战役，其后他亲政噶尔丹，分兵三路对噶尔丹军进行夹攻。
康熙三十五年(1696年)五月三十日，清朝西路军与败逃的准噶尔但军队相遇至昭莫多附近，展开了一场正面交战。此时的厄鲁特军因连日连夜赶路而疲惫至极，加上路上粮食供应不足，因而战斗力较差，而清军却是以逸待劳，最终厄鲁特军队被击溃，逃跑者或被清军追杀，或跌落悬崖致死。噶尔丹部众大多降清，康熙三十六年(1697年)其在众叛亲离,进退无路的困境下，服毒自杀。昭莫多之战清军共杀厄鲁特军二千余人，俘获数百人，取得了一场大胜。
昭莫多之战最终以清军大胜告终，原因是多方面的，首先便是双方力量过于悬殊。昭莫多一役清军共出动七万五千多人，而一般认为噶尔丹军的人数仅在五六千左右。其次便是双方在指挥上的差距，噶尔丹对康熙皇帝率部亲征并无察觉，因此匆忙应战。而清军在逼近昭莫多的途中以逸待劳，主动出击，厄鲁特军慌忙逃跑。再次与康熙皇帝的谋略不无关系。当时朝廷主站者甚少，康熙却能不顾朝臣反对，坚决派兵出征，并怒斥进军途中建议撤退的大臣。同时，康熙知人善任，他任命费扬古为前敌总指挥，后者在作战指挥方面表现出了非凡的才能。