1690年，准噶尔汗噶尔丹在乌兰布通之战被清军暴揍，损失大半主力，战败后逃往科布多(今蒙古吉尔格朗图)。俗话说：树倒猢狲散。噶尔丹还没倒，但是已露颓相，以往那些被他征服的哈萨克、青海等部都投入清军阵营。噶尔丹的势力遭到严重的削弱，暂时安静了一段时间。
乌兰布通之战后，康熙为巩固蒙古地区的统治，防止噶尔丹卷土重来，于第二年亲临多伦诺尔(今内蒙古锡林格勒盟多伦)召集蒙古、内蒙古王公贵族会盟，喀尔喀蒙古归附，坚定地站到了清朝一边。
噶尔丹可以说也是位和康熙棋逢对手的雄主，在其继位以后，对内平叛，对外东征西讨，战无不胜，哈萨克、喀尔喀等都被他搞定，鼎盛时期控制的领地约七百万平方公里。这样的人物，必然不会那么容易就服输。
1695年冬，噶尔丹率3万人马沿克鲁伦河而下至河源处屯聚，在巴彦乌兰(今蒙古温都尔汗以西、达尔汗以北)到处抢夺劫掠。
康熙当然也不会放过噶尔丹这个心腹大患，1696年二月，康熙御驾亲征噶尔丹。大军兵分三路，康熙自领中路约3万人，主要是驻守京师的八旗营和火器营，从独石口(今河北赤城北)北出。
西路军分别由抚远大将军费扬古和振武将军孙思克统领，约4万人，从归化(今内蒙古呼和浩特)和宁夏(今宁夏银川)北上，在翁金(今蒙古海尔汗杜兰西)会合。
东路军约万人，由黑龙江将军萨布素统领，兵力主要来自盛京、黑龙江、宁古塔、科尔沁。大军翻过大兴安岭，沿克鲁伦河向西进发。
三军约定日期在土喇(今蒙古乌兰巴托西南)会师，然后合击噶尔丹，但是西路军的孙思克部虽然距离看起来更近一些，但是路是最不好走的，不是高山(阴山山脉、阿尔泰山脉)就是沙漠戈壁(乌兰布和沙漠、库布齐沙漠、中央戈壁等)，要么翻山越岭，要么穿越大沙漠，而且还得应对极端的气候条件，其难度可想而知。
孙思克部果然在穿越大漠的时候，遇到恶劣天气，行军缓慢。在翁金等待多日的费扬古等孙思克赶到，立刻改变计划，从孙军中挑出四千精锐会同其部急行军，并报于康熙。为协调各部，康熙放慢中路行军速度。
分进合击之策虽然威力大，但是各部之间的协调配合要求极高，尤其是在信息传递效率很低的古代，稍有不慎可能全盘计划都会落空，更有甚者可能会被各个击破。就像明朝和后金之间的萨尔浒战役，明朝使用的也是分进合击之策，因为协调不到位、信息不畅，虽然总体兵力占优势，结果却反被努尔哈赤各个击破，大败而归。
康熙率领的中路军走了差不多3个月，于5月初到达克鲁伦河，噶尔丹猝不及防，遥望清军势大，遂撒开丫子逃命。在清军的追击下，噶尔丹仓皇逃窜，被赶来的西路军费扬古诱至昭莫多。
昭莫多在如今蒙古国首都乌兰巴托以南约45公里的宗莫德市， “昭莫多”在蒙古语里是大树林的意思，资料中这么描述的 “其北大山，千仞壁立，山下平川广数里，林木断续，有河流其间，曲折环绕，其南山差低于北，渐陁而下，有小山横焉，战地也。”这里的山就是平均海拔约为2000米的肯特山， 昭莫多东边是丘陵，西边有河流。
肯特山脉位于蒙古国首都乌兰巴托东侧，蒙古民族的诞生地，蒙古人的祖先就生活在额尔古纳河一带，后来诞生的横扫欧亚的成吉思汗，年少时被仇家追杀，就是得到肯特山的庇护才活下来。可以说肯特山是成吉思汗心目中的圣山，统一蒙古高原后的成吉思汗多次回肯特山祭拜。肯特山因此也被称为“金色圣山”。传说成吉思汗死后，就葬在肯特山。
清军在山头居高临下，噶尔丹相当勇猛，骑兵下马，率军猛攻。双方激战半日，打得难解难分不分胜负。清军出奇兵攻噶尔丹侧翼和后部辎重，配合正面主力。噶尔丹军大乱，遂溃败。噶尔丹只带十数骑逃脱，但是他的妻子阿奴死在乱军之中。
昭莫多之战，噶尔丹大败。噶尔丹后来又派人偷袭翁吉(今蒙古阿尔拜赫雷东南)清军粮草基地，又被清军打爆，彻底失去了和康熙对垒的资本。
趁其病要其命。1697年，康熙又亲临宁夏，指挥清军征讨噶尔丹。噶尔丹的侄子策妄阿拉布坦被清廷策反，一代枭雄噶尔丹无奈之下喝药自尽，其部降清。至此，让康熙寝食难安的准噶尔叛乱，终于被平定。
昭莫多之战，噶尔丹之所以失败除了兵力上的劣势外，还有两个更重要的原因：
一、警惕性不足，存在侥幸心理，对清军的情报工作不到位，竟然对康熙御驾亲征毫不知情，认为清军不会远涉大漠来攻打他，结果被打了个措手不及。
二、战场指挥出现失误。敌强我弱，敌进我退，开始的时候知道打不过就逃，其实是对的。但是后来竟然中了清军的诱敌之术，而且还舍弃骑兵，下马步战，仰攻高地，有点不可思议，按说噶尔丹身经百战，不至于犯下如此错误，他却偏偏就犯了。
噶尔丹的平定，使得漠北的喀尔喀蒙古重新回到清朝的控制之下，维护了祖国的统一和领土的完整。