九一八事变后，日本特务多次拉拢孙传芳投靠日本，均遭孙传芳严词拒绝。此时，孙传芳虽然一心向佛，不问政事，但其影响力和号召力尤在。而蒋介石麾下的军统特务对威胁蒋介石统治的“异己分子”，一直欲除之而后快。施剑翘刺杀孙传芳表面上打着“替父报仇”的名义，她或许不知，在她的身后就有国民党蓝衣社特务张克瑶和施则凡的合谋，他们利用施剑翘为父报仇的心理，为其提供孙传芳行踪和行凶用的勃郎宁手枪。施剑翘被捕后，在法庭上谎称：行刺用的勃郎宁手枪是从一个退伍军官手上买的。然而，勃郎宁手枪在当时属于先进枪支，绝非一般人能有，当初军统特工陈恭澍等人在北平刺杀张敬尧时，都没有这种手枪，还是戴笠专程坐飞机飞到北平将勃郎宁手枪交给陈恭澍。试想，这种连专业特工都没有的手枪，施剑翘如何能轻易买到，这其实是军统特务欲借施剑翘之手除掉孙传芳，因而通过各种渠道使施剑翘获得到这种勃郎宁手枪。
孙传芳好友杨文恺和部下马葆珩在晚年的回忆录中都提到孙传芳之死是国民党特务借刀杀人，利用施剑翘为父报仇的心理，唆使其将孙传芳刺杀。而郭汝瑰将军后来在其回忆录中提到是蒋介石令军统密派一个叫施剑翘的女子将孙传芳杀了。
更让人疑惑不解的是，施剑翘刺杀孙传芳的时间恰恰是在冯玉祥当选国民党五届常务委员和军事委员会副委员长之后，冯玉祥与施从云是多年的老战友，而施剑翘是施从云的侄女。施剑翘之所以选在冯玉祥就任要职之后刺杀孙传芳，定是考虑了冯玉祥与施从云的关系，因为即使案发，冯玉祥对其老战友的侄女是不会袖手不管的。果然，正如所预期的那样，施剑翘刺杀孙传芳一案还在审理时，南京政府方面就已经开始活动特赦一事了。这样一来，也就很好解释出施剑翘在杀人之后，为何会毫不怯场了，好像由她来结束孙传芳的生命是天经地义之事一样。这就是民国社会“人人平等”的所谓貌似公证的法律。
施剑翘在杀害孙传芳后，为博取社会舆论的同情，刻意贬低、污蔑孙传芳的人格，以此来为自己的罪行开脱。然而孙传芳在统治东南五省期间，军纪严明，相较同时期的其他军阀，其口碑相对较好。作为一个崛起于乱世之中的枭雄，孙传芳纵有错处，也不应当将其丑化、矮化。