雍正在位13年，对清廷机构和吏治，做了一系列改革。如为加强对西南少数民族的统治，实行改土归流、耗羡银归公，建立养廉银制度等。特别是雍正七年(1729年)在出兵青海，平定罗卜藏丹津叛乱后，为提高军务效率，在离养心殿百步之遥的隆宗门内设立军机处，更是铸就了沿袭至清末的帝后独揽军政要务的集权模式。有鉴于康熙朝诸皇子争储位的惨痛教训，雍正创立秘密建储制，即将已选定的储君姓名，写好密藏匣内，再置于乾清宫“正大光明”匾后，以备不测。这一制度，有助于以后乾嘉道咸几朝皇权的顺利过渡。
他是个明君而非仁君，明君指的是治理国家能力很强，但在某个地方也犯下了严重错误，但总的来说是七三开的，即成绩七分，过错三分。
可以这样说，雍正是一位十分复杂而矛盾的历史人物，他是勇于革新、勤于理政的杰出政治家，对康熙晚年的积弊进行改革整顿，一扫颓风，使吏治澄清、统治稳定、国库充盈、人民负担减轻。但他毕竟是封建皇帝，有着重大过失和种种局限，他的继位为帝，也存在很大疑点。雍正的继位存在很多疑点。这样说并不是要抹煞他的历史功绩，应该说封建统治者骨肉相残是经常发生的。封建社会中，即使一个英明的君主也往往要用阴谋手段和残酷斗争来夺取和巩固统治，汉武帝、唐太宗、武则天、努尔哈赤都有屠兄弟、杀儿子、逼父亲的行为，雍正并不是个例外。他作为一个最高统治者，勤于政务，洞察世情，以雷厉风行的姿态进行整顿改革。雍正统治十三年是清朝统治的重要时期，承上启下，为以后乾隆时期的繁荣盛世打下了基础。