杨秀清自1951年起任太平天国正军师，总理国事。在他的管理下，太平天国高度中央集权，全国大小政务全部集权到中央政府，洪仁玕立法制宣谕中说：“即末秩微员，升降必由天廷转奏，片文双字，刊刻必自京内颁行”。
杨秀清严格维持秩序和执行纪律，据《太平天国的政治与宗教》记载：“一切人等，无有例外，各有派定的岗位与职责，而全体动作各按轨道，循规蹈距，如同钟表的机件”。
杨秀清择才用人，赏罚有度，《贼情汇纂》中记载：“其法至严，凡有失利取败，违令私财，重则立斩，轻者责降，不敢徇情，略无姑息。有功亦破格升迁，赏不逾时，而桀骜不驯之徒，遂群焉俯首，甘心服役，至身临矢石而不惴，膏涂草野而无悔矣”。