平定三藩：姚启圣在追随康亲王爱新觉罗·杰书平定耿精忠叛乱之役中声名鹊起，其以不凡的勇气和谋略，协助康亲王攻克收复了江浙陷于耿精忠部署的土地，并一路进取福建，彻底平定耿精忠叛乱。
平定郑军：康熙十七年(1678年)郑成功部将刘国轩率军进攻福建沿海，攻陷漳州门户海澄。姚启圣上任后迅速进剿郑军，很快扭转败局，迫使刘国轩收缩兵力在漳州附近，为后续逐步收复台湾奠定基础。
制订方略：姚启圣上任伊始即向康熙奏请自己的战略部署，提出以“剿抚并用”的方式，一边攻取收复失地，一边招抚敌方不坚定的盟军将领。这一策略正适合清初国情，很快被康熙采纳，使得清廷顺利收复台湾。
招抚郑军：姚启圣以从郑氏集团内部分化瓦解，逐渐削弱敌方势力的方式智取郑军。曾于康熙十八年(1679年)在漳州设“修来馆”，以高官厚禄招降郑经部属，先后有陈士恺、郑奇烈、朱天贵等名将携所属官兵近五万人投诚，可谓成效显着。
壮大水师：清朝初年朝廷没有强大水师，对于盘踞海岛的郑军久无良策。姚启圣担任福建总督期间奏请朝廷委派重臣专职水师提督， 重视水师事务。康熙于是调拨万人从江浙选战船百余艘，从湖广拨发新式西洋火炮，大为增强福建水师的力量。
发展经济：姚启圣收复金厦后，上书恳请诸岛终止移民，最大限度恢复因连年征战、清廷“迁界禁海”政策而遭受严重破坏的地方经济，保护了百姓的利益。
荐举贤良：姚启圣与大学士李光地共同保举施琅出任福建水师提督，为平台选将做出关键性决策。