父朱集璜是明末学者，清顺治二年( 1645 )守昆城抵御清军，城破，投河自尽。朱昼夜恸哭，痛不欲生。时其弟用白、用锦尚幼，从商遗腹未生。他上侍奉老母，下抚育弟妹，播迁流离，备极艰辛。待局势稍定，才返故里。因为敬仰二十四孝中为怀念父亲王修而终生不面向西坐，还曾在父亲墓前攀柏悲号的王裒 ，就自己改号为柏庐。朱用纯始终未入仕，一生教授乡里，向学者授以小学、《近思录》等。曾用精楷手写数十本教材用于教学。潜心研究程朱理学，主张知行并进，躬行实践。康熙间坚辞博学鸿词之荐，与徐枋、杨无咎号称“吴中三高士”。康熙三十七年染疾，临别前嘱弟子：“学问在性命，事业在忠孝”。
著有《删补易经蒙引》、《四书讲义》、《春秋五传酌解》、《困衡录》、《愧讷集》、《毋欺录》等。