尹嘉铨自此以名儒自居。乾隆四十六年(1781年)，尹嘉铨已离休回到老家河北博野，当年四月，乾隆西巡五台山回跸保定，尹嘉铨一心想要参加接驾盛典拍马屁。然而竟没有圣旨要传召他入觐，尹嘉铨灵机一动，想到老爹尹会一，便草拟两份奏折：一是请谥，二是从祀。要是皇帝恩准，不但博个孝子名声，还能乘机出风头，于是派儿子将请谥奏折送去，自己呆在家中。乾隆帝看到他儿子替他送上来的奏本，为父请谥，没想到惹恼了乾隆皇帝，朱批：“竟大肆狂吠，不可恕矣!”于是下旨，将他“拿交刑部审讯，从重治罪”，并下令查抄尹嘉铨在京师和原籍的家产著述。
大学士英廉查抄了尹嘉铨在北京的家产，并搜查出其家藏书大小311套，散书1539本，未装订书籍一柜，法帖册页65本，破字画58卷、书信一包计113封、书板1200块。直隶总督袁守侗又查没尹嘉铨之父尹会一祠堂一所，除祭器之外有随祀田84亩之多，又有义学田一顷。尹嘉铨代其岳父李?公赠送祠堂一所共52间。另外，还搜出大小四十六箱书籍，派员封送北京，交英廉一并检阅。
英廉特意精选了通晓文义又查办过禁书，同时认真谨慎的翰林数人同他一起对尹家藏书详加察勘，不使可能存在的悖逆语稍有遗漏。他们前后用了半个月的时间才将全部书籍检阅完毕。
尹嘉铨是当时颇有名望的道学家，非但藏书丰富非一般人能望其项背，而且著述之多也不是普通文人、官僚所能比拟的。他自己撰写、编纂的书有八十余种，加上由他注解或代作序文的书，总共约九十多种。这些书都是英廉等人检阅的重点，最后从其中发现了一百三十多处悖逆文字。
例如尹嘉铨称他父亲尹会一与张伯行等为“孔门四子”，称父母死为“薨”;所著《随王草择言》第一卷有：“后世孝友多不见用于世，即用世而立身之大端又难言之”;“今群臣非八人之比，乃使之遍居人人之官而望功业之成不可得也”。同书第二卷内有：“固不务讲学之名以贾祸，亦不避讲学之名以免祸”;《李孝女暮年不字事》中记有女子年逾50，依然待字。他的妻子李恭人遣使媒人欲给尹嘉铨收为妾，遭到拒绝;《亭山遗言》称曾梦到东岳大帝座间，说他为孟子之后身，当继孔子宗传、寿尚未艾;《尹氏家谱》中记有他父亲居官时“密奏之事不载”等语;在《名臣言行录》中自称“古稀老人”，而当时乾隆曾于乾隆四十五年70岁时作御制诗称自己为“古稀”，并刻了一方“古稀老人”的章，尹嘉铨如此自称便是犯了忌。
又《随王草》内有“应举入场，直同于庶人之往役”等语，被认为是污蔑朝廷的科举考试。同书中还有《朋党之说起》中云：“而文师之教衰，君亦安能独尊于上哉?”当时雍正帝曾作有《朋党论》，尹嘉铨的言论便被认为是与皇帝唱对台戏。由于尹嘉铨干越国家大典的行为大大激怒了乾隆皇帝，他不止一次降旨，饬令严办。负责该案的大学士三宝等人不敢怠慢。尹嘉铨被押抵北京后，即于三月二十八日开堂讯问。前后提审了尹嘉铨十七次，尹嘉铨无法，只有一一认罪痛哭辩解。
但辩解归辩解，判官们并不因此就网开一面、手下留情。乾隆四十六年四月十七日，大学士三宝、英廉及涉及此案的各部、司人员给皇帝奏疏，报告了尹嘉铨的罪证及刑审情况，最后建议将尹嘉铨凌迟处死，家产全部入官，所有书籍尽行销毁，其缘坐家属，男十六以上者皆斩，余人给付功臣之家为奴。
奏折递进宫后，乾隆皇帝于四月十七日下了一道长达千余言的上谕，历数尹嘉铨处处罪状，认为本应“凌迟处死，家属缘坐”，但为了表示皇上的大度，决定“加恩免其凌迟之罪，改为处绞立决，其家属一并加恩，免其缘坐”。四月二十日又复旨道：“尹嘉铨悖谬书籍既多，其原籍亲族戚友必有存留之本，著传谕袁守侗明切晓谕，令将其书籍板片悉行呈出，毋任隐匿，一并解京销毁。”饬令各省封疆大吏，尤其是尹嘉铨家乡直隶和他曾任职的山东、山西、甘肃等省督抚，详细访查，“倘查办不实，致有隐漏，别经发觉，必将原办之该督抚等治罪。”
军机处按照乾隆的谕旨，将尹嘉铨著作书目开列清单，抄送各地，各省的督抚，则按单查缴。最后，“收获”颇丰。据陕甘总督李侍尧于七月十四日奏报，甘肃共缴出尹嘉铨著作五十七种，计二百六十四本又九十册又一千五百三十四页，书版二百二十六块，击碎尹撰石刻碑文两块。山西巡抚雅德于七月二十六日奏报，晋省查出尹嘉铨书文，十一种拓本是军机处书单上所没有的。山东巡抚国泰于五月十八日禀报，共查出尹嘉铨纂著、疏解的书籍四种二百六十六部，磨毁石刻诗文、碑记数块。福建巡抚富纲于六月十三日奏称，已经查出尹嘉铨著作九十余种。云贵总督与云南巡抚于五月二十二日奏称，共缴到尹嘉铨所编纂之书七种，计三百六十一本，书版三十一块。十日二十二日，云南巡抚刘秉恬复奏，又查到尹氏著述十八种共七十九本，其中两种是军机处所开书单上没有的。其它省份，如广西、湖南、湖北、江西等省也多有缴获。
最后，各省督抚将缴到的尹氏文字封送北京集中处理。尹嘉铨自著之书全部焚毁，由其疏解或作序的书则用抽毁的办法将其文字剔除。