朱祖谋，浙江归安(今湖州)埭溪渚上彊村人。父光第，曾官郑州知州。童年爱好文学，随父在河南生活。光绪八年(1882)中举，光绪九年(1883)进士，改庶吉士，散馆授编修，历官会典馆总纂总校、侍讲学士、礼部侍郎、兼署吏部侍郎。光绪三十年(1904)，出为广东学政，因与总督不和，最后辞官，寓居苏州，任教于江苏法政学堂。
光绪二十六年(1900)，义和团包围外国使馆，董福祥部击毙日本外交官。朱孝臧上疏反对仇教开衅，因触怒西太后等，几获罪。次年《辛丑条约》签订后，以“忠心谋国”升为内阁学士，擢为礼部侍郎。是年秋，外放广东学政。因与总督意见不合，引病退职，卜居苏州。不久，被聘为江西法政学堂监督。
宣统元年(1909)，为弼德院顾问大臣，因病未赴任。辛亥革命后，隐居上海。袁世凯欲聘为高等顾问，一笑拒之，后在天津以君礼参拜废帝溥仪，卒于上海。