焦循少颖异，事父母以孝闻，服丧尽礼。乾隆辛酉举于乡。尝从阮元游浙江。闭户著书，葺其老屋曰“半九书塾”，复构楼曰“雕菰”，有湖光山色之胜。足不入城市者十余年。庚辰七月卒，年五十有八。焦循博闻强记，识力精卓，于学无所不通，于经无所不治，而于《周易》、《孟子》专勒成书，其于《易》本世传家学，尝疑一“号啕”也，何以既见于《旅》又见于《同人》;一“拯马壮”也，何以既见于《复》又见于《明夷》;“密云不雨”之象，何以《小畜》与《小过》同辞;“甲庚三日”之占，何以《蛊》象与《巽》象同例;乃遍求说《易》之书读之，撰述成帙。甲子，复精研旧稿，悟得洞渊九容之术实通于《易》，乃以数之比例：求易之比例，于是撰拟《通释》一书。丁卯病危，以《易》未成为恨。病廖，屏他务，专治此经，遂成《易通释》二十卷。自谓所得悟者，一曰“旁通”，二曰“根错”，三曰“时行”。《易通释》既成，复提其要为《图略》八卷。凡图五篇，原八篇，发明旁通相错时行之义。论十篇，破旧说之非。复成《章句》十二卷。总称《雕菰楼易学三书》，共四十卷。先生易经既成，随笔记录二十卷，曰《易馀龠录》。凡友朋门弟子所问答及于易者复录存二卷，曰《易话》。自癸酉立目录，自稽所业，得三卷，曰《注易日记》。又有《易广记》三卷。先生易学，不拘守汉魏各师法，惟以卦爻经文比例为主。焦循又著《孟子正义》三十卷，疏赵岐之注，兼系近儒数十家之说，而以己意折衷，合孔孟相传之正指。又作《周易王氏注补疏》二卷，《尚书孔氏传补疏》二卷，《毛诗郑氏笺补疏》五卷，《春秋左传社氏集解补疏》五卷，《补记郑氏补疏》三卷，《论语何氏集解补疏》二卷，合之，为《六经补疏》二十卷。嘉庆六年(1801)举人，后弃科举，托足疾在家10余年，博闻强记，于经、史、历、算、声韵、训诂之学均有研究。专注于经史之学，对诗词、医道无不贯通。搜求故友遗书，孜孜不倦，世家有藏书，其藏书处有“雕菰楼”、“半九书熟”，阮元称有“湖光山色之胜”。抄录图书甚多，被誉为“抄书一痴”，传说当大水淹到家门口时，还在南窗下从容不迫地抄录《中论》。每得一书，必识其卷端，故其藏书多有题识，藏书印有“理堂”、“恨不十年读书”、“焦氏藏书”等。著述宏富，有《里堂学算记》、《雕菰楼易学三书》、《易章句》、《易通释》、《孟子正义》、《曲考》(佚)、《剧说》、《花部农谭》、《雕菰集》、《雕菰楼文集》、《六经补疏》、《北湖小志》等数百卷。
焦循思深悟锐，尤精历算之学。撰有《释弧》三卷，《释轮》二卷，《释椭》一卷，《加减乘除释》八卷，《天元一释》二卷，《开方通释》一卷，又命其子琥作《益古演段开方补》以附《里堂学算记》之末。当时算学名家李锐、汪莱、钱大昕等，皆与讨论而叹服焉。
焦循善属文，最爱柳宗元。表章先正，作《北湖小志》六卷。又掇拾扬州杂文旧事，为目录二卷，名曰《足征录》。又成《邗记》六卷。每得一书，必识其颠末，有所契，则手录之。如是者三十年，成《里堂道听录》五十卷。又举清人著述三十二家，作《读书三十二赞》。文集手订者，曰《雕菰楼集》二十四卷，词三卷，诗话一卷。
因阮元考浙江原委以证《禹贡》三江，乃撰《禹贡郑注释》一卷，专明班氏郑氏之学。谓王伯厚《诗地理考》繁杂无所融贯，作《毛诗地理释》四卷。又仿戴东原《孟子字义疏证》，撰《论语通释》一卷凡十五篇：曰圣，曰大，曰仁，曰一贯，曰忠恕，曰学，曰知，曰能，曰权，曰义，曰礼，曰仕，曰君子小人。又撰《群经宫室图》二卷，为图五十篇。《毛诗鸟兽草木虫鱼释》十一卷，《陆玑疏考证》一卷。又录当世通儒说《尚书》者四十一家，书五十七部，仿卫湜《礼记》之例，以时之先后为序，得四十卷，曰《书义丛钞》。