尤侗生于万历四十六年四月(1618年6月)，祖籍苏州府长州(今江苏省苏州市)。其家世代书香，自称是“簪缨不绝”。其父为明太学生，但终生未仕，在家课子。尤侗五岁开始居家习读四书五经，受业于其父祖。其天资聪颖，喜读《史记》、《离骚》等，以博闻强记闻名乡里，世人称其为“神童”，并入学为诸生，一时间颇负才名。
顺治三年(1646年)副榜贡生，顺治帝曾称誉尤侗是“真才子”，惜六入考场皆名落孙山，九年授永平(今河北卢龙)推官。曾在衙署门柱撰写了一副楹联：“推论官评，有公是，有公非，务在扬清激浊;析理刑法，无失入，无失出，期于扶弱锄强。”顺治十三年(1656年)春，他以大清典律杖责鱼肉乡里的“旗丁”后，反遭弹劾，刑部以“擅责投充”，例应革职，改为降二级调用。尤侗不等降级调用，愤然辞官，当年七月偕同妻儿返回故里，“拜见父母，悲喜交集”。决定从此收心归隐，自号“晦庵”，将居处改为“看云草堂”，取杜甫诗意“年过半百不如意，明日看云还杖藜”。尤侗精通南曲(昆曲)北曲，以一腔忧愤创作了许多剧本，杂剧《读离骚》、《吊琵琶》、《桃花源》、《黑白卫》、《清平调》五种，及传奇《钧天乐》，均在顺治十三年至康熙七年间(1656年～1668年)完成。
康熙十八年(1679年)应诏入选博学鸿词科，以二等十二名授翰林院编修，参修《明史》，分撰列传300余篇、《艺文志》5卷，“受知两朝，恩礼始终”。康熙二十一年(1682年)长子尤珍高中进士，完成了他一生未了“科名”夙愿，于是慨然引退：“知足不辱，知止不殆。吾年逾六十，子幸成名，可以休矣! ”康熙二十二年(1683年)在史局以撰述第一的成就致仕返乡，归隐苏州亦园。书斋名为“西堂”，故自号“西堂老人”。后在苏州城滚绣坊建有园林，面积约十亩，定十景名为：南园春晓、草阁凉风、葑溪秋月、寒村积雪、绮陌黄花、水亭菡萏、平畴禾黍、西山夕照、层城烟火、沧浪古道。
康熙三十八年南巡，尤侗年近八旬仍亲迎于道，三月十八日恰逢康熙帝诞辰，作《万寿词》以祝寿，“上嘉焉，赐御书。‘鹤栖堂’匾额”。四十二年康熙帝再度南巡，晋为侍讲。时人比之为李白。隔年六月因年老逝于家中，《苏州府志》记载葬于苏州西郊太湖边光福镇官山坞姚姊河，建国后归属吴县藏书镇东方村上官山姚姊河。