王氏出身于中下级军官家庭，父亲王朝窭，在女儿未被选入宫之前考中武举人，官任锦衣卫百户(正六品)。隆庆二年，也即王氏3岁时，家从左卫迁到京城。王氏生于嘉靖四十四年正月二十七日寅时。万历初年，朝廷为明神宗皇帝大婚，在民间大范围选美，13岁的王氏顺利通过前几关选美入宫，但是没能进入前三名。选美前三名中的王喜姐被钦定为皇后，另两位女子分别册为刘昭妃(宣懿太妃)、杨宜妃。落选的女子一部分按规矩遣返回乡、一部分条件较为出色者则留宫成为宫女。王氏就是在这种情况下，于万历六年二月初二日(1578年)分配到慈宁宫，侍奉明神宗的生母李太后(孝定太后)。
三年后，16岁的王宫女偶然被皇帝遇见，"私幸之"，事后赏给她一付头面(首饰)。王宫女因此怀了身孕，但不敢明言。后因身形变化被李太后看破。太后召问神宗，神宗最初想赖账，假装不知道，拒绝承认。
按照明朝宫廷规矩，皇帝的起居有专人记录在册，叫《起居注》。太后命人拿来《起居注》，对照当时日期，神宗只好勉强承认了。不过太后并没有责备他，反而安慰说：“我老了，还没有孙子，如果生个男孩，也算祖宗社稷之福。是谁生的，不必计较，你可以加封她”。王宫女因此进封为恭妃。万历十年八月十一日(1582年)，王恭妃不负重望，果然生了个男孩，这就是神宗的庶长子朱常洛。
王恭妃先后生一子一女，实际却并不受宠，最受宠的是九嫔之一的郑淑嫔。万历十四年(1586年)正月，郑氏生皇三子朱常洵，神宗进封郑氏为皇贵妃。这就在立太子的问题上引出了麻烦。按照中国封建时代一贯的制度：“有嫡立嫡，无嫡立长”，在皇后没有生育嫡子的情况下，应立庶出的长子(或年纪最大的儿子)做皇太子，神宗自己当年就是因为这个原因轻松获得皇位的。王恭妃生的朱常洛是庶长子，自然也应是皇太子。群臣和李太后都支持立朱常洛为太子，可是神宗不喜欢王氏母子，郑贵妃又总想立自己的儿子为太子。因此立太子的问题，迟迟不能进行。