孔有德是铁岭矿工出身，其父在铁岭领导反建州政权起义失败后流亡辽东各地，曾在广宁军任游击。天启元年(1621年)，后金占领辽阳后，同其兄孔有性及耿仲明，耿仲裕兄弟，经后金南四卫总兵官刘爱塔(刘兴祚)的暗中遣送，投奔东江毛文龙，与耿仲明，尚可喜被称为“山东三叛徒”。万历四十七年(1619年)萨尔浒战役以后，清政权在东北迅速崛起，到崇祯年间(1628—1644年)，已基本上控制了东北地区，并伺机入关，山东半岛已成为明朝防御清军渡海南下的前线。孔有德是原明朝辽东总兵、左都督毛文龙的部下。自天启年间到崇祯初年，毛文龙部以辽东沿海金州、朝鲜皮岛一带为根据地，屡次袭击清的后方，给清军造成了威胁。然而这支部队军纪败坏，不听明朝政府指挥，冒领军饷，骚扰地方，引起明政府的忧虑。
崇祯元年(1628年)，袁崇焕督师辽东，借机处死毛文龙，其旧部由副将陈继盛统辖，不久，参将刘兴治在皮岛叛乱，杀陈继盛等十余人，总兵黄龙随即赴皮岛镇压。崇祯六年(1633年)，孔有德、耿仲明不服黄龙统辖，率部来投登莱巡抚孙元化。崇祯四年(1631年)八月，皇太极率清兵攻大凌河城(今辽宁锦县)，祖大寿受困城内。孙元化急令孔有德以八百骑赶赴前线增援，然登州辽东兵与山东兵素不和，孔有德抵达吴桥时，因遇大雨风雪，部队给养不足，士兵抢劫哗变。孔有德在登州发动吴桥兵变，自号都元帅，孙元化忠于朝廷不愿称王，孔有德放他逃离登州。