天顺初年，改检讨。其父九畴因张鹏弹劾石亨一案受到牵连，耿裕也被贬为泗州判官。遭父丧起复后，补定州知州。成化初年，召复检讨，任国子司业、祭酒。当时，明王朝一些年幼侯伯都在国子监读书，耿裕将古代诸侯、国戚的嘉言美行可资效法者编纂成书，给他们讲授。皇帝非常赞同。后历升吏部左、右侍郎，并代尹为尚书。靠勾结宦官与万贵妃而升为大学士的万安，素与耿裕不合，便伙同李孜省在皇帝面前倾陷耿裕，结果被调到南京礼部。后转南京兵部参赞机务。
弘治初年，拜为礼部尚书。当时的上层官僚，无论公私，竟尚奢侈。耿裕多能因势利导，力纠时弊。曾借国家发生灾异的机会，多次上疏，提倡节俭。给事中郑宗仁提出节制光禄(管皇室祭祀及膳食的机构)供应，裕等请求皇帝予以采纳。光禄御史田渊以光禄供费不足而拖欠行户物款，要求用国库银两偿还。裕等请求皇帝予以采纳。光禄御史田渊以光禄供费不足而拖欠行户物款，要求用国库银两偿还。裕等认为这样会侵蚀国库，助长舞弊，请明令禁止，得到皇帝批准。南京守备宦官请求增加奉先殿日祭供品，裕等认为没有必要，未加许可。孝宗即位初，曾令番邦僧人迁本土，但大都利用各种关系在京师潜藏下来。裕等力主驱斥，只留一百八十二人。撤马儿罕及吐鲁番要进行贡狮子，甘肃镇守太监傅德先画了图形呈进，巡按御史陈瑶奏请退还不收。裕上疏皇帝听从陈瑶的建议，并对傅德治罪，皇帝没有同意。后来番使来到京师，皇帝经常召见，裕再三奏请说：“番邦无道，表面借朝贡表示恭顺，实际潜称可汗，且屡屡犯边，陛下如此优待其使者，以为天朝心存畏惧，更加助长其桀骜不驯的气焰。且狮子也是野兽，没什么珍异之处。”皇帝即令其使回国。不久，裕任吏部尚书，加太子太保衔。任职数年，考核官吏，选官授职，不以个人爱憎取人，杜绝私人请托。平时生活，自奉节俭，虽然两世俱为显宦，而家境并不富有。