顾宪成，字叔时，号泾阳，于1550年(明世宗嘉靖二十九年)出生于江苏无锡泾里(今无锡市张泾)一个书香门第 。顾宪成聪明过人，幼年就有研读孔子之学。1576年(万历四年)，顾宪成赴应天(今江苏南京)参加科举考试，中了乡试第一名。1580年(万历八年)，顾宪成赴京参加会试，又被录取在二甲第二名，被赐进士出身。顾宪成中进士后，官居户部主事。时值大学士张居正生病，朝臣群起为他祈祷。 顾宪成不参与祈祷，有同僚代他签名，他拿笔去掉。1582年，张居正死后，顾宪成改任吏部主事。后来顾宪成请假回乡三年，返回朝廷后，补为验封主事。 1586年(万历十四年)，顾宪成的弟弟顾允成也考中了进士。
1587年(万历十五年)，明朝考核京城朝官，都御史辛自修掌管考核事宜。工部尚书何起鸣在纠正考核的过失中，辛自修因不对执政大臣之意获罪。给事中陈与郊秉承旨意弹劾何起鸣、辛自修，实际上是攻击辛自修而庇护何起鸣。于是二人都被罢官，并责备了检举何起鸣的四位御史。顾宪成为他们抱不平，上疏申辩，词语中有触怒当权者的地方，被明神宗下圣旨责备， 贬官外放为桂阳州判官。后来提为处州推官。顾宪成在母亲死后辞官，服完丧后，补为泉州推官。