周亮工祖居金溪栎林(今合市乡)，后其父周文炜迁河南祥符(今开封市)，故以先世常居栎下而自号“栎园”，以志不忘，学者称之曰“栎园先生”。曾自题有《寄籍祥符》诗(《江西诗征》卷65/35)。王士祯等所撰史料中，都称其为金溪人(《渔洋山人感旧集》)卷5/11)。又迁南京。周亮工于明万历四十年(1612)生于南京。周亮工出身书香门第，父周文炜，国子监监生，曾任浙江诸暨县主簿。周亮工年少随父出游，广交朋友。明崇祯十三年(1640)中进士。次年(1641)进入仕途，为山东潍县令，守城有功，“举天下廉卓，行取入京师。”崇祯十七年(1644)，迁浙江道监察御史。李自成破京师，投缳自杀，为家人所救。顺治二年(1645)“豫亲王多铎兵下江南，亮工诣军门降。”以御史职为清军招抚两淮，后改任两淮盐运使。
顺治三年(1646)，擢升淮扬海防兵备道参政。顺治四年(1647)擢为福建按察使，兼摄兵备、督学、海防三职。参与镇压福建反清起义，并兴建建诗话楼，祀宋严沧浪其上，召邑诸生能诗者益日与倡和。顺治六年(1649)，周亮工升任福建右布政使。当时两广未定，清廷拟调其前往广东，有人认为周亮工“治闽久，得闽人心;闽未大定，未可去闽”。遂留任。顺治七年(1650)七月，周亮工代理建南道，招抚农民军首领曾省，瓦解汀州反清武装。顺治八年(1651)秋，赴延平，代理延建道。为平叛乱，周亮工单骑入邵武叛兵营，招降首领耿虎;随后，又镇压建宁陈和尚、延平吴赛娘的抗清队伍。顺治九年(1652)，郑成功部围攻漳州，城内绝粮，周亮工临危受命，代理漳巡道，从戈戟林中破围入漳，协助守城。漳州解围后，城厢内外尸骸狼藉，周亮工捐赀收埋遗骸十余万具，发粮煮粥供应饥民，并赎回被清军掳掠的良家子女千余人。顺治十年(1653)，调署兴泉道。当时，福建总督刘清泰因兴泉沿海14寨接济郑成功，准备发兵剿灭。周亮工极力劝止，使百姓免遭涂炭。同年夏天，周亮工升为福建左布政使，为清初汉人受左布政使职之第一人。上任后，即在衙堂上大书：“收银不用火耗，发银即是原封”;“批到即收银，收完即领批”。