崇祯七年(1634年)，陈永华出生。陈永华父名陈鼎。陈鼎是明朝天启七年(1627年)举人;崇祯十七年(1644年)中进士。陈永华年轻时寄籍漳州府龙溪县，通过科举，取得龙溪生员的资格。顺治五年(1648年)，清军攻陷同安，陈鼎在明伦堂自缢。当时陈永华只有十五岁，为博士弟子员。清军入城后，陈永华出逃。当时郑成功占据厦门，图谋恢复明朝江山，于是延揽天下士子。兵部侍郎王忠孝推荐陈永华，郑成功与他谈论时事，后并且高兴地说：“复甫，你是当今的卧龙先生。”后授予参军，并以宾礼相待。但据考证，陈永华此人平时不善言谈，只有在部分政见等政治方面的谈论才能发挥。顺治十五年(1658年)，郑成功与诸将讨论北征之事，很多人都认为不行，只有陈永华力排众议，认为可行。郑成功很高兴，于是派他留守厦门，并辅佐世子郑经。郑成功对郑经说：“陈先生是当今名士，我留下他辅佐你，你应当以老师之礼待他。”
康熙元年(1662年)，郑成功攻克台湾，授予咨议参军。同年五月，郑成功病死台湾，其子郑经继位。郑经很是倚重他，军国大事必询问他。康熙三年(1664年)，郑经在金门、厦门被清荷联军击败，退往铜山岛。这时人心不稳，投降清朝的人很多，就连郑经身边也有人力劝降清。但是陈永华和洪旭劝说郑经,投降的人很多都是奴仆、商人之类，谎报是明郑的官员，才得到清朝优厚的赏赐。万一投降后，得到的待遇不理想，那可是会被当作笑话看。郑经于是放弃投降的念头，退往台湾，并且将国政都交给陈永华处理。