瞿式耜，字起田，号伯略，别号稼轩。家居常熟藕渠乡(今天已并入虞山镇)，祖父瞿景淳中会元后迁居城里，所在街被称”会元坊”(现在中巷西段)。瞿式耜生于1590年(万历十八年)。二十七岁时，中进士。 第二年，出任江西吉安府永丰县知县，已崭露政治才能。 天启年间，太监魏忠贤专横跋扈，杀害正派人士。 瞿式耜同情受害者，不为恶势力屈服。1628年(崇祯元年)，任户科给事中，这种官职的设立，原意是对政府部门起一定监察作用，他觉得可以舒展抱负了。七个月里，连上二十多封奏疏，他竭力主张：”要挽回危局，必须”回本清源”，抨击还高居相位的魏忠贤余党，为被害人昭雪，扶持正气。 对朝政设施，多所建白。当时，满洲努尔哈赤建立后金政权，和明王朝分庭抗礼，不断向南入侵。瞿式耜早有警觉，连上好几封奏疏，要求增储军粮，教练士兵修好边墙，讲求武备，举荐徐光启、李之藻、孙元化等一批能臣。可是瞿式耜的行动触犯了当权者的利益，遭到温体仁、周延儒等排挤陷害，不久，被削职回家。
崇祯中，初诏会推阁员。礼部尚书温体仁资序最深，顾与沈一贯同乡里，为一贯死党，主张时局。式耜建议，斥不与会推列。体仁结周延儒，通宫禁，既得要领，上疏自讼，因讦礼部侍郎钱谦益浙闱暧昧事，为不当与枚卜，而部科党之。上召赴平台面诘。式耜抗言：浙闱举钱千秋卷弊，狱已久定，事坐分考，显与谦益无涉。体仁愠不得与枚卜，罗织自荐，猾而无耻，古今无与为比。即甚乱国，未有以争而得相者，况陛下励精之始政乎。上不怿，然未有以折也。会户科给事中郝土膏大声疾言，失奏对体。上遂震怒，械式耜、土膏及都给事中章允儒，下法司，皆削职。1644年(崇祯十七年)三月，李自成农民起义军攻下北京，崇祯帝在煤山自杀。满族趁吴三桂借兵机会，大举进入山海关。农民军措手不及，退出北京。五月，顺治帝进入北京，开始武力征服全中国。与此同时，福王朱由崧在南京建立弘光政权。瞿式耜被任命为广西巡抚。 瞿式耜认为，广西在中国西南一角，山重水复，进可以攻，退可以守，是举足轻重的战略要地，就带着邵氏夫人向广西进发。半路上，南京陷落，到处人心惶惶。到梧州上任，他督促生产，劝告人民安心耕种;一面招募士兵，认真训练，修筑城堡，加强防守。在短短时间里，浮动的人心，逐渐安定下来。