隆庆(1567年—1572年)初，首辅高拱荐其为考功主事，出为广东佥事，招降大盗，倭寇骚扰广东，以水陆夹攻，擒获倭寇70余人，受到嘉奖。万历年间(1573年—1620年)，首辅张居正逐“拱党”，谪为两淮盐运司判官。历兵部郎中，出知建昌府(今江西水修西北)，暇辄讲学。不久，经给事中邹元标推荐，擢为陕西提学副使，以身作则，考核肃然。万历二十年(1592年)，升右佥都御史，出任福建巡抚，奏请以僧田十六入官。又募兵垦海坛地八万三千有奇，筑城建营舍，聚兵以守。三年后，擢南京大理卿，调兵部右侍郎，旋改北部左侍郎。道中被论，乞休。数年后卒于家，谥恭简，赠南京工部尚书。许孚远一生精研理学，聚徒讲学，学宗良知，为王阳明正传。为学以克己为要，以反身寻究为攻。与当时名儒冯从吾、刘宗周、丁元荐友善。著有《论语述》、《敬和堂集》八卷、《大学述》、《中庸述》等。《四库总目》传于世。