在播州设立宣慰使司，驻地相当于今贵州遵义市。隆庆五年(1571)，生性雄猜、阴狠嗜杀的杨应龙世袭了父亲杨烈的播州宣慰司一职。万历十四年(1586)，杨应龙升任都指挥使，因从调有功，加封为瞟骑将军。万历十四年，因向朝廷进献大木美材七十棵，受赐飞鱼服与都指挥使职。杨氏历代统治播州，势力盘根错结，早有不臣之心，他认为四川官军弱不经战，非常轻视，久欲占据整个四川，独霸一方，他的居所雕龙饰凤，又擅用阉宦，俨然是一个土皇帝。杨应龙为人狡诈多疑，好以诛杀立威，结怨甚深，所辖五司七姓不堪其虐，纷纷叛离。杨应龙听信宠妾谗言，杀妻及岳母，妻叔张时照向明廷告其谋反。万历十八年(1590年)，贵州巡抚叶梦熊也上奏杨应龙不法诸事，力主勘问。此时，松潘地区动乱不安，播州壮兵不断受调到外地协防，四川巡抚李化龙奏请暂免勘问。黔蜀两省意见不一。万历十九年，叶梦熊重议勘问，奏请播州改派流官治理。李化龙与之相左，遭致怀疑与斥责。
朝廷诏命黔蜀两省会勘，杨应龙当然愿赴蜀而不赴黔。二十年，杨应龙赴渝受审，依法当斩。时倭人进犯朝鲜，杨应龙请求献金赎罪并带兵征倭，朝廷允准。继任四川巡抚王继光坚持严提勘结，杨应龙抗命不出，朝廷下令进剿。二十一年，王继光会兵进剿，抵达娄山关。杨应龙诈降，暗地遣兵据关冲杀，官军大败且死伤过半，王继光被革职。二十三年，兵部侍郎邢玠命重庆知府王士请令杨应龙至秦江听勘。杨应龙缚献黄元等12人抵斩，并请纳银四万两助采木赎罪。朝廷允准，以子杨朝栋代其职、次子杨可栋留渝作人质。不久，杨应龙闻次子死，拒缴赎金。二十四年，杨应龙派兵袭掠余庆、大呼、都坝，焚劫草塘二司及兴隆、都匀各卫，围黄平，戮重安长官家。二十五年，流劫四川江津、南川诸邑，袭击贵州洪头、高坪、新村诸屯，并侵扰湖广48屯，朝廷震怒。