麻贵由舍人从军，累功升都指挥佥事，充任宣府游击将军。隆庆年间，提升为大同新平堡参将，贼寇大举进犯，掠夺山阴、怀仁、应州。地方将官多由此获罪，唯独麻贵和兄长副将麻锦拒敌有功，受到奖赏。万历初年，麻贵被提升为大同副总兵。万历十年(1582年)冬天，麻贵以都督佥事的身份充任宁夏总兵官。不久，麻贵将总指挥部迁往大同。时各部朝贡求和为时日久，撦力克世袭封为顺义王，侍奉中国更加虔诚。麻贵经常因安抚边境有功劳而蒙受赏赐。万历十九年(1591年)，阅视少卿曾乾亨弹劾麻贵，麻贵被贬官至边境防守。
万历二十年(1592年)，宁夏人哱拜反叛，朝廷起用麻贵为副将，率军讨伐叛贼，麻贵多次攻城都无法取胜。五月，哱拜用五百名河套骑兵围攻平虏堡，麻贵挑选精锐士兵三百人从小路急行军打退了敌人。不久，麻贵以总督魏学曾的命令在横城招抚著力兔、银定、宰僧三人，许给他们重利，他们都不答应，麻贵于是回兵攻城。宁夏总兵董一奎攻城南，固原总兵李昫攻城西，刘承嗣攻城北，牛秉忠攻城东，麻贵率游兵负责策应。哱拜从北门出战，准备前往勾结河套部，麻贵将他赶入城内，另派部将马孔英、麻承诏等人攻打河套的增援部队，俘杀一百二十人，成功震慑各部落。不久，朝廷任命萧如薰代替董一奎，统领各路援兵，任命麻贵为副手。而李如松部也到达了，攻打更加激烈。哱拜派人拿黄金、绣蟒给卜失兔等人，请求他们赶快派兵巡行灵州，先占据下马关，阻塞粮道。卜失兔和庄秃赖联兵进犯定边，而宰僧从花马池以西的沙湃进入。麻贵迎击，在石沟挫败宰僧。恰好董一元捣毁土蛮老巢，各部长都解兵离去。叛军又向著力兔乞求救援，著力兔率部大举进犯。李如松率精锐骑兵在张亮堡迎战，从太阳升起打到正午时分，叛军十分顽强。正好麻贵及李如樟等部赶到，两边夹击，叛军才退却。追击败敌直到贺兰山，斩获首级一百二十余。明军拿这些首级向叛军示众，叛军更加恐惧不安。不久城破，叛贼全部被平定。麻贵因战功增加官阶，给予荫封。不久提拔为总兵官，镇守延绥。