出仕前的早年经历已不可考。从哲于万历十一年中进士，名列二甲。在翰林院任编修时文笔突出，多篇文章被首辅王锡爵收入文选，以为模范。讲学东宫，曾多次上书神宗，维护太子(后之光宗)的地位。转从四品朝列大夫，为国子监的司业、祭酒，又上书神宗，请求不要再开矿收税(东林与浙党都希望如此)。不久因为司礼监秉笔太监田义让做监生的侄子走后门当官，被从哲拒绝，就放话要整从哲(“若不爱官耶”)，于是从哲辞职在家闲居。在家十多年，从哲交游很广，声望日隆。东林老前辈叶向高很看重他，先后举荐他续修玉牒、出任礼部左侍郎兼翰林院侍读学士。但从哲未就。
万历四十一年按例举行会试。但此时朝政日非，缺官严重，竟然找不到能充当主考的人。于是叶向高又举荐在家的方从哲出任礼部右侍郎，权副主考官。叶四次上书，神宗仍不决。但关键时刻，他又突然下中旨，委任从哲为吏部左侍郎，辅佐叶向高主考会试。结果因为中旨与吏部的会推结果不合，引起言官们反对。从哲于是告退，但是神宗坚决这样任命。从哲居家十五年，一出山就引起风波，预告了他之后艰难的首辅之旅。