在沈有容一生四十余载的军旅生涯中，有数十年是镇守在福建沿海。正是在这期间，他曾率军三次进入台湾、澎湖列岛，歼倭寇，驱荷兰入侵者，成功地保卫了台湾。
第一次是在万历三十年(1602)冬，倭寇侵占东番(台湾)，四处残害我福建商民与高山族同胞。沈有容冒台风之险，率21艘战舰拼死渡海，前往东番，全歼了这股倭寇，使福建商民与高山族同胞重见天日。
第二次是在万历三十二年(1604)，荷兰东印度公司韦麻郎等拥三艘巨舰，趁明军换防之际，占领了马公岛(澎湖岛)。他们以互市为名，企图向葡萄牙占领澳门一样永远占领澎湖列岛。沈有容在福建八闽军心思遁的危殆情势下，经过严密部署，不顾自身安危，单舟驰往荷兰舰船，指陈利害，严正晓谕，不费一枪一弹便迫使韦麻郎退兵。韦麻郎临去之时，请画师为其画像，以示尊敬。
第三次是在万历四十五年(1617)，日本幕府将军德川家康，命令长崎代官村山等安占领台湾，沈有容先以威名制服明石道友一军，然后率水师在东沙岛(白犬岛)合璧围困，采取以倭制倭的办法，迫使在该岛顽抗的倭寇弃械投降。沈有容三次保卫台湾，其功于国于台，殊非浅显。