大明建文元年(1399年)，燕王朱棣起兵，组织靖难军与侄儿建文皇帝争夺天下。建文二年(1400)，燕王率领大军与建文帝五十万大军激战于德州以北，建文帝的护国军战败南逃，燕王攻破德州城。五月，燕王率领二十万铁骑路经临邑，在临邑东北二十多里处演练骑兵，附近几十里内人民惨遭蹂躏，几乎灭绝人迹。临邑自古有宿安店，燕王朱棣路过此地时，宿安人纪纲与同乡穆肃结伴投军，纪纲冒死扣住燕王坐骑，请求自愿跟随燕王效命。燕王喜纪纲胆略过人，弓马娴熟，当即将他收为帐下亲兵。
燕王大兵围攻济南时，遭到山东参政铁铉顽强抗击，燕王久攻不下，命人将劝降书用弓箭射入境内。济阳诸生高贤宁与纪纲是同学，高贤宁作《周公辅成王论》用弓箭射回城下，燕王得书后非常高兴，佩服高的文笔。后来，燕王围攻三月不克，率军撤回北京。
建文四年(1402年)，燕王绕道攻破南京继皇帝位，下令搜捕高贤宁，高贤宁被逮捕以后，燕王想封他官职，高贤宁宁死不屈，燕王派纪纲前去劝降，纪纲与高贤宁在一起读书时，两个人相处很友善，纪纲被老师逐回家后，两个人一直有书信来往，纪纲好言相劝高贤宁接受官职，高贤宁说道：“君被学校驱逐，造反故应尔，我食朝庭俸禄多年，决不能负义投降。”纪纲知无法改变其志向，婉言回复燕王，燕王遂将高贤宁释放回家，这是纪纲所做的一件善事。
燕王十分宠幸纪纲，授忠义卫千户，即位后升纪纲为锦衣卫指挥使，掌管亲军和主管诏狱。时建文旧臣被都御史陈瑛诛杀数十族，亲属受株连被杀者达数万人，其事多由其亲行。明成祖以为忠，视为心腹。曾矫旨下盐场取盐数百万斤，夺官船运输，尽入私囊。构陷富商上百家，夺其资为己有。还曾阉割良家幼童数百人，服侍左右。
纪纲桀骜不驯，诡计多端，他善于迎合明成祖旨意，广泛设置校尉，每日收集军民情报，用严刑苛法，诬陷诽谤，受到成祖格外宠爱，很快又被提升为都指挥佥事，兼掌锦衣卫。纪纲一时成为权焰熏天的权臣，更加卖力地替成祖铲除异已。阳武侯薛禄跟纪纲争夺一名美色女道士，被纪纲用铁瓜打破脑裂几乎死掉，大学士解缙因为劝阻成祖更换太子，得罪了汉王朱高煦，成祖北征时，解缙私谒太子，被汉王检举揭发，解缙被囚禁于死牢中。汉王买通纪纲，派人将解缙灌醉后拖到雪地里活活冻死。浙江按察使周新受到纪纲诬陷，以谋反罪被处死。明成祖常常把所愤恨的官员交给纪纲处以死刑，纪纲到其家中以帮其求情骗取钱财，然后再处死这些人。种种不法得逞后，使纪纲更加胆大妄为起来。
永乐五年(1407年)，徐皇后病故，成祖下诏全国选美，各地送来的美人到达京师后，纪纲挑出绝色美人藏于自己家中私纳。纪纲查抄到已故吴王的冠服后，私自隐藏在家中，有时还穿在身上，命令左右饮酒祝贺，高呼万岁，没有一个人敢告发。纪纲家中私养了大批亡命之徒，暗中修建隧道制造了数以万计的刀枪、盔甲和弓箭。永乐十四年端午节，成祖亲自主持射柳比赛，纪纲想学秦代的赵高指鹿为马，他对锦衣卫镇抚庞英说：“我故意射不准，你把柳枝折下来，大声呼喊说我射中了，看看众人有没有敢出来纠正的。”庞英按照纪纲的话做了，在场的人竟无一个人敢出面纠正，纪纲高兴地说：“没有人敢难为我了。”纪纲加紧了逆谋活动。后多蓄亡命，造兵器万计，欲图不轨。不料，被一个与他有仇的太监揭发了，成祖大怒，将纪纲押送都察院审讯，查清楚他的种种不法行为后，将纪纲凌迟处死，将他全家男女老少发配戍边。并列其罪状颁示天下。