刘元卿出生于文风颇盛江西吉安府的安福县西乡(现属于萍乡市莲花县)，从小发奋读书，隆庆四年(1570年)在江西乡试中夺魁，后来在他人的推荐下，带着向朝廷的上书和文卷参加会试，但因“五策伤时，忏张居正”，未获取录，还险遭杀身之祸。隆庆六年(1572年)他创立复礼书院。万历二年(1574年)再次参加会试，又没有被取录，于是绝意功名，回到家乡，研究理学，收徒讲学。
万历七年(1579年)神宗诏毁书院，全国大多数书院被迫停办，而刘元卿把复礼书院改名为“五谷神祠”，仍聚众讲学如故。后来学禁解除，复礼书院又恢复原名，此后名声更大，“道日益隆，誉日益广”。复礼书院有严密的学规，且教育质量好，以致湖南、湖北等省的有志之士都不远千里来此求学，海内学者对刘元卿的学识非常钦佩，誉他为“泰山北斗”。刘元卿还创办了识仁、中道、一德等书院，至此，他与当时省内名流吴康斋、邓潜谷、章本清齐名，被人们称为“江右四君子”。
随着知名度扩大，不少官员多次上书朝廷，推荐刘元卿，称刘元卿为“负迈俗之志节，蕴济世之经纶”。皇帝非常重视，授他为“国子博士”、“阶承德郎”衔，特别下旨叫刘元卿去京城做官。但刘元卿悉心讲学，不肯去做官。后来皇帝又再次派员催他赴任，刘元卿再三推辞不掉，只好应召入京。不久，即升礼部主事。在朝三年，他提出了许多有利于封建王朝的举措，在《请举朝讲疏》、《节制贡吏疏》、《直陈御倭第一要务疏》中，阐述了自己的政治主张，对于革除弊政、安定边陲、抵御外侮都是非常有利的。可惜刘元卿的这些政治主张，得不到皇帝的采纳，于是他称病辞归，告老还乡。