崇祯元年(1628年)冬天，崇祯帝朱由检下诏推选内阁大臣。温体仁威望太浅，还不能参与，很受崇祯帝朱由检器重的侍郎周延儒也没有被推选。温体仁揣测崇祯帝朱由检肯定会怀疑，于是上疏弹劾钱谦益受贿、结党，没有资格被推选，此前钱谦益在天启二年(1622年)主持浙江会试，用关节语为记号，录取钱千秋，后被人告发，钱谦益也受到责罚。这件事本已定案很久了，但是温体仁重提旧事，很让崇祯帝朱由检心动。次日，崇祯帝朱由检让内阁六部科道官员集中在文华殿，命温体仁和钱谦益都到现场。钱谦益没想到温体仁会弹劾自己，言辞中十分委屈。但是温体仁盛气诋毁钱谦益，他说：“我本来不是言官不能随意弹劾，遇到朝推，我更应该避嫌不说话的。但是选内阁大臣涉及社稷安危。而且钱谦益结党营私，收受贿赂，满朝大臣没有一个敢说话的。我不忍看到皇上您孤立，所以不得不说。”崇祯帝朱由检早就怀疑有廷臣结党，听到温体仁这么说，十分赞同。但是执政的内阁大臣都说钱谦益无罪，吏科都给事中章允儒尤其积极为钱谦益辩护：“温体仁其实是热衷权力，如果钱谦益有错，为什么他等到今天才揭发?”温体仁说：“我当初只是小官员，今天揭发钱谦益，也是为了朝廷要慎重用人。像章允儒这样的肯定是钱谦益的同党。”崇祯帝朱由检大怒，命礼部把钱千秋的卷子拿来看后，责备钱谦益，感慨地说：“如果没有温体仁，我几乎就犯下错误了。”章允儒被捕下狱，诸大臣也被严词责备。争辩的时候没有一个人帮助温体仁，只有周延儒上奏说：“廷推名义上很公平，但是实际上主持的人也就一两个人，其他人都不敢说话。一旦说话徒然给自己惹祸。并且钱千秋这个案子本就已经有定论，不必再询问大臣们了。”于是崇祯帝朱由检当天就把钱谦益罢官。很多官员都被牵连。
崇祯二年(1629年)春天，温体仁又被弹劾娶娼妓、收受贿赂、夺人家产等诸多不法的事情。温体仁请求辞职说：“因为钱谦益的缘故，攻击我的人很多，但是没有一个人为我辩护，我的孤立由此可见。”崇祯帝朱由检再次召集大臣们对质，温体仁和九华、赞化两人辩论很久，最后攻击这两人都是钱谦益的私党。崇祯帝朱由检信以为真，他把大学士韩爌等召集到内殿，说大臣们不知道为国家操劳，只知道挟私报复，应当重罚。温体仁再次以辞职要挟崇祯帝朱由检，崇祯帝朱由检温言慰问。知情官员上奏朝廷说钱谦益是自首的，不能再处罚。温体仁又上疏说当初的证词都是钱谦益自己搞出来的。当时审理钱千秋一案的左都御史曹于汴官员对此深为不满。他们联名上疏：“臣等亲自审理钱千秋一案，旁听和听到的人达到数千，不是一个人能够随意掩饰歪曲的。温体仁是在欺骗崇祯帝朱由检，已达到自己升官的目的。”温体仁见势头不妙，转而说这些人是“朋党”，最终钱谦益被杖责。温体仁后又因私人恩怨和大臣们坚持对抗，无论如何都不肯偃旗息鼓。崇祯帝朱由检以为他在朝廷里孤立无援，更加支持他。不久，周延儒进入内阁，第二年六月，温体仁以礼部尚书兼东阁大学士，也实现了入阁的愿望。温体仁入阁之后，更加嚣张。闵洪学代王永光成为吏部尚书后，排除异己，得到了温体仁的包庇。御史史范、高捷及侍郎唐世济、副都御史张捷等都被收作温体仁的心腹。温体仁嫉妒周延儒的官位在他之上，就预谋扳倒他。钱龙锡收袁崇焕的案子牵连要被判死刑，钱龙锡求情，周延儒说崇祯帝朱由检盛怒难以解救，温体仁则撒谎说崇祯帝朱由检并不是很愤怒。钱龙锡的友人因此疏远了周延儒。周延儒被罢免后，廷臣厌恶温体仁做内阁首辅，想要召回曾经和周延儒一起入阁的何如宠。何如宠说：“君子和小人不并立，如果我不到朝廷里，温体仁还要顾忌我好好主政的。”不久，温体仁顺利成为内阁首辅。
温体仁受崇祯帝朱由检恩宠，更加嫉妒骄横。他想要推荐的人，都要秘密让人先提出，自己再去支持。想要陷害谁的时候，都要先故意假装宽厚，再说出犯崇祯帝朱由检忌讳的事让崇祯帝生气。崇祯帝朱由检往往被他转移了注意力，一直没有发觉。姚希孟本来是讲官，因为才望升为詹事。温体仁讨厌他，就用他假冒武生的事情，将他夺职去掌管南院。礼部侍郎罗喻义本来很有声望，因为给崇祯帝朱由检的文章中说“左右未得人”的话，温体仁认为是在讽刺自己，就要让他去掉，罗喻义坚持不从。温体仁亲自弹劾他说：“今日罗喻义讲进规例太过简单，让他更改他也不同意，这样我这个内阁首辅不能做百官的首领。”崇祯帝朱由检命令吏部商议，尚书闵洪学等趁机说：“皇帝圣明，不需要罗喻义多言。”罗喻义被免职。魏忠贤遗党日夜盼望温体仁能够推翻逆案，攻击东林党。恰好礼部尚书，左都御史空缺，温体仁秘密让侍郎张捷推举牵涉逆案的吕纯如，试探崇祯帝朱由检的反应。言官哗然，崇祯帝朱由检也十分不高兴。温体仁自此不敢再进言起用逆党，也更加愤恨反对派。文震孟因为讲《春秋》讲得好进入内阁。温体仁不能阻止，就派出特务每天守着他刺探他的过错，又派人弹劾，直到将文震孟赶走。明朝末年，各地农民起义，朝廷准备设立五省总督，兵部侍郎彭汝楠、汪庆百不敢去，温体仁就庇护他们，不再设立五省总督。起义军进犯凤阳(今属安徽)，义军大兵进犯，皇陵被焚。有人弹劾温体仁只知道受贿庇护自己的同党，致使皇陵被焚，温体仁就借了个由头上奏要将其免职，文震孟反对，也被逐走。温体仁还是很不满意，又将和文震孟关系好的庶吉士郑鄤陷害下狱。温体仁辅佐朝政数年时间，因为入阁前和大多数朝廷大臣结怨，不敢过于肆意妄为，自己廉洁、谨慎表现给崇祯帝朱由检看。但是当时，清兵在京师附近蹂躏百姓，扰乱中原，边境荒芜，百姓的生活日渐困苦，他从未能献上一个建议。
在政事上碌碌无为的温体仁，整日忙于和人作对。诚意伯刘孔昭弹劾倪元璐，给事中陈启新弹劾黄景昉，都是按温体仁的指示做的。礼部侍郎陈子壮曾经当面指责温体仁，不久以议论宗亲藩王的事情忤逆崇祯帝朱由检旨意的名义下狱，官位也被剥夺。和温体仁关系好的、和他做同党的都是庸才、尸位素餐。温体仁自己毫无所长，只知道向崇祯帝朱由检献宠。他醉心于排除异己、打击政敌，感觉到自己树敌太多，恐怕会招致别人报复。为了不给人留下把柄，凡是他呈给崇祯帝朱由检的上疏，以及内阁拟定的有关文件，全部不存入档案，企图毁灭罪证。在温体仁辅政期间，上疏弹劾他的人不计其数。这些人不但没能扳倒温体仁，反而引火烧身，有的被罢官，有的被流放，甚至有人被当场杖击而死。温体仁最终难逃倒台的命运。钱谦益被张汉儒告状，说他在乡里结交了一帮朋党，整日散布怪论、诽谤朝政。为报复钱谦益，温体仁借机逮捕了钱谦益等人。钱谦益觉得冤枉，向司礼太监曹化淳求救。张汉儒知道后泄露给温体仁。温体仁自恃有崇祯帝朱由检的宠信，密奏给了崇祯帝朱由检，并要求处置曹化淳。没想到崇祯帝朱由检把温体仁的密奏让曹化淳看了。曹化淳十分恐慌，就毛遂自荐，要求亲自主持审理钱谦益一案。曹化淳不久就弄清了事情的原委和内幕，他报告给崇祯帝朱由检，崇祯帝朱由检这才知道在朝廷内已经形成了一个以温体仁为首的“朋党”。恰好又有人弹劾温体仁，崇祯帝朱由检就把张汉儒等立即枷死。温体仁一看势头不对，就装病在家，以为崇祯帝朱由检肯定要安抚他，挽留他。不料，崇祯十年(1637年)六月的一天，温体仁正在吃饭，崇祯帝朱由检下圣旨，令削去温体仁官职，让他回乡。温体仁吓得手中汤匙都掉在了地上。崇祯十年(1638年)，被罢官回家。崇祯十一年(1639年)，温体仁在家中病死。他死后，崇祯帝朱由检还觉得十分可惜，追赠太傅，谥文忠。温体仁死后不到六年，李自成攻破北京城，明朝灭亡。