1388年三月，蓝玉率师十五万北进。四月，来到捕鱼儿海(今贝尔湖)附近，距离脱古思帖木儿汗帐不过百余里路程。脱古思帖木儿以为明军与纳哈出作战不久，粮草匮乏，不会深入北方再战，没有作迎敌的准备。而明军前锋奔袭他的大营之时，恰好风沙弥天，几十步外不见人。明朝兵马突然出现，脱古思帖木儿根本不能作有效的抵抗，太尉蛮子仓促上阵，很快战败被杀。脱古思帖木儿带着太子天保奴、知院捏怯来、丞相失烈门等数十人逃往和林方向。这一次战役，脱古思帖木儿的次子地保奴、嫔妃公主一百二十三人、官员三千余、人口七万七千多、马驼牛羊十五万多头，以及大量印章、图书、兵器、车辆，都被明军俘获。脱古思帖木儿一行逃亡途中，在土剌河遇到也速迭儿。他和太子天保奴一起被也速迭儿杀死，捏怯来、失烈门逃去，南下投降了明朝。
这次的失败使黄金家族——忽必烈家族的大元政权丧失了在蒙古人中至高无上的中央汗国的地位，大多数蒙古部落宣布脱离它而独立。1399年，乞儿吉斯部(分布在叶尼塞河上游沿岸)首领贵力赤，否认残元皇帝额勒伯克的宗主权，于1399年打败并杀死了他，取得了统治各部的霸权。至此，苟延残喘了29年的残元政权灭亡了，合法的元朝皇帝不复存在了，蒙古各部又回到了争夺蒙古帝国大汗宝座的纷争当中。 1402年，北元去国号灭亡，改称鞑靼。