建炎元年十月廿二出生。六世祖为太祖赵匡胤的四子秦王德芳。父亲为秀安僖王赵子偁。由于高宗的唯一儿子元懿太子夭折后再没有嗣子，所以只好从宗室中选择继承人。《异迹略》记载，宋高宗受宋太祖托梦，称“汝祖自摄谋，据我位久，至于天下寥落，是当还我位。”故宋高宗过继了太祖七世孙作为养子，并立为太子;宋史中也有相似的记载，但为孟太后受托梦。
绍兴三年(1133年)二月为和州防御使，赐名赵瑗，改贵州防御使。十二年(1142年)正月封普安郡王。三十年(1160年)二月立为皇子，改名赵玮，进封建王。三十二年(1162年)五月立为皇太子，改名赵眘。六月，高宗禅位，孝宗登基，定年号隆兴，立志光复中原，收复河山，遂恢复名将岳飞谥号武穆，追封岳飞为鄂国公，肃清秦桧余党，并且命令老将张浚北伐中原，但在符离遭遇金军突袭大败。接着金军趁胜追击，南宋军队损失惨重，此后双方互有胜负，但金无法越过长江，宋亦未能渡黄河。
宋孝宗被迫于隆兴二年(1164年)和金国金世宗签订“隆兴和议”，次年改元“乾道”。
乾道年间，由于没有战事的干扰，加上高宗较少干政，孝宗专心理政，百姓富裕，五谷丰登，太平安乐，一改高宗朝时贪污腐朽的局面。由于宋孝宗治国有方，所以使南宋出现乾淳之治(乾道，淳熙)的小康局面。宋孝宗时有一批宠臣，如曾觌、龙大渊、张说等人，与宦官梁珂等“相与盘结”，“士大夫无耻者争附之”，被列入《佞幸传》。
淳熙十四年(1187年)十月，高宗死于德寿宫中，孝宗听闻后失声痛哭，两天不能进食，又表示要服丧三年。孝宗为了服丧，让太子赵惇参预政事。淳熙十六年二月初二(1189年2月18日)又禅让于太子，太子即位后，是为宋光宗。孝宗自称太上皇，闲居慈福宫，后改名重华殿，继续为宋高宗服丧。光宗与孝宗不和，长期不去探望孝宗。为此，孝宗闷闷不乐而起病。最终在宋光宗绍熙五年六月初九(1194年6月28日)，孝宗逝于临安重华殿。