肃宗乾元元年(758)，任观军容宣慰处置使等职，负责监领九个节度使的数十万大军。唐军收复洛阳后，鱼朝恩被封为冯翊郡公，开府仪同三司。代宗广德元年(763)，吐蕃兵进犯 ，代宗出逃陕州(今河南三门峡西)。鱼朝恩以保驾有功，被封为天下观军容宣慰处置使，并统率京师神策军。后领国子监事，兼鸿胪、礼宾等使，掌握朝廷大权。干预政事，慑服百官，不把皇帝放眼里，贪贿勒索。置狱北军，人称地牢，迫害无辜。大臣元载知代宗对其不满，乃与皇帝谋除之。大历五年(770)三月癸酉(初十)(4月10日)寒食节，代宗乘宫中宴会后召见之机，捕杀鱼朝恩。
天宝末年，鱼朝恩进入内侍省，初为品官，后为唐肃宗所宠信，派为李光进的监军。后被任命为三宫检责使，左监门卫将军知内侍省事。
乾元元年(公元758年)，鱼朝恩被封为观军容宣慰处置使，监李光弼等九节度使军。 鱼朝画上元二年(公元761年)二月，有人传言，说洛中将士皆幽州、朔方人，思乡心切，兵无战心。鱼朝恩却信以为真，屡次上言肃宗，请命李光弼率军攻取洛阳。结果邙山(今河南洛阳北)之战，官军大败，河阳、怀州失守，鱼朝恩也狼狈逃回陕州。
广德元年(公元763年)十月，吐蕃军进犯泾州，不久逼近京师，唐代宗逃往陕州。当时禁军离散，仓猝之际，一时难以召集，鱼朝恩率驻陕州军及神策军奉迎，军威方振。因此唐代宗对鱼朝恩倍加宠信，任他为天下观军容处置宣慰使，专典神策军，时常出入禁中，权宠无比。
永泰年间，鱼朝恩被加封为国子监事，兼光禄、鸿胪、礼宾、内飞龙、闲厩等职，进封郑国公。
大历五年(公元770年)，宰相元载密奏请杀鱼朝恩，并以重金贿赂鱼朝恩亲信周皓、皇甫温二人，暗中观察此人。三月寒食节的时候，皇宫举行宴会，宴会结束后，鱼朝恩回家之际，代宗叫他留下来讨论事项。等鱼朝恩一到，代宗便责难他图谋不轨，鱼朝恩为自己辩护，此时周皓与左右将之擒获，缢杀之。