崔仁师，定州安喜(今河北定州)人。武德初年考中制举，调任管州录事参军。武德五年(622年)，陈叔达举荐崔仁师有才能可以担任史官，升任右武卫录事参军，参与修撰梁、魏史。
贞观初年，改任殿中侍御史。当时青州有个男子图谋叛逆，有关官员逮捕他的党羽，囚犯关满了监狱，诏令崔仁师审问。刚到青州，为所有囚犯除去刑具，给他们准备食物，提供茶水，用感化的手段审讯他们，获罪的只有十多个带头作恶的人，其他的都免罪放回。大理少卿孙伏伽对他说：“免罪昭雪的人很多，谁肯承认自己有罪去死?判决时事情发生变化怎么办?”崔仁师说：“审理狱案以仁爱宽恕为主，因此谚语说“杀人断脚，也都有礼可循”。怎么会有人知道自己冤枉不申诉，为自己谋划呢?让我用一个人的身体换取十名囚犯的性命我也情愿!”等到敕使重新审讯，众囚犯都叩头说：“崔公仁爱宽恕，肯定没有冤枉的人。”都没有其他话可说。崔仁师因此出名。
升任度支郎中。崔仁师曾经口述支出费用数千项，唐太宗李世民觉得奇怪，诏令黄门侍郎杜正伦拿账册提问，让崔仁师回答，没有一处错误。皇帝感到惊奇。当时校书郎王玄度注解《尚书》、《毛诗》，诋毁孔颖达、郑玄的陈旧学说，请求立即废除。诏令众儒生广泛讨论，博士以下的人都难不住他。河间王李孝恭奏请与孔颖达、郑玄的学说一并流行，崔仁师认为王玄度的注解缺乏根据，列举不合大义之处上奏皇上。王玄度之议停止。
贞观十六年(642年)升任给事中。当时有关官员认为法令中“谋反叛逆的人兄弟都受牵连坐罪没收家产入官”太轻，诏令高官讨论。都说汉、魏、晋三朝一人谋反诛杀三族，请求改为处以死刑。崔仁师说：“父子是直系亲属，足以劳烦其心，对这都不悯惜，哪里谈得上兄弟友爱?”房玄龄说：“祖宗有荫庇子孙的义务，所以祖孙关系亲近重要，而兄弟关系疏远。如此说来就是亲近的流放而疏远的处死，不是用刑的本意。”于是没有改变。
后来崔仁师秘密请求立魏王为太子，违背皇帝的旨意，降为鸿胪少卿。逐渐提升为民部侍郎。后来征讨辽东时，任韦挺的副职主持海运事务，又另外主持河南漕运事务。崔仁师认为漕运路线曲折遥远，恐怕所运物资不能及时到达，就见机行事征调近海租税充作军饷。因运输的兵卒逃亡没有奏闻获罪，被除官为民。皇帝回朝走到中山，起用他任中书舍人、检校刑部侍郎。皇帝前往翠微宫，献上《清暑赋》婉言劝谏。皇帝称赞他，赐帛五十段。贞观二十二年(648年)，升任中书侍郎，参与主持机要事务，尤其受到皇上的恩宠礼遇。中书令褚遂良嫉妒他，适逢有人伏閤上诉，崔仁师没有及时上报，皇帝大怒，把他流放到连州。永徽初年，拜授简州刺史，去世。